Στον θρόνο της Αγίας Πόλης στάθηκε ένας ποιμένας που υπερασπίστηκε την αλήθεια του Χριστού σε δύο Οικουμενικές Συνόδους, την Εφέσου και τη Χαλκηδόνα. Όταν αρνήθηκε να προδώσει την ορθή πίστη, εκθρονίστηκε με βία και αναγκάστηκε να καταφύγει στην Κωνσταντινούπολη για να σώσει το ποίμνιό του. Ο Άγιος Ιουβενάλιος έλαβε τον πατριαρχικό θρόνο των Ιεροσολύμων κατά τους χρόνους του ευσεβούς αυτοκράτορα Θεοδοσίου του νεότερου.

Στην εποχή του λάμπρυναν την Παλαιστίνη μεγάλοι φωστήρες της ερήμου, όπως ο Ευθύμιος, ο Θεοδόσιος και ο Γεράσιμος ο Ιορδανίτης, τον οποίο υπηρετούσε πιστά ένα λιοντάρι. Υπήρξε φίλος και ομιλητής του Μεγάλου Ευθυμίου και συνομιλούσε μαζί του για τα ζητήματα της Εκκλησίας. Παρά τη φωτεινή αυτή συντροφιά, η ανατολική Εκκλησία ταρασσόταν από επικίνδυνες πλάνες, τις οποίες ο πατριάρχης αντιμετώπιζε με ποιμαντικό ζήλο.

Φρόντιζε ακούραστα το ποίμνιο του Χριστού, στηρίζοντας τους ιερείς και διδάσκοντας τον λαό. Η ζωή του ταυτίστηκε με τους αγώνες της Ορθοδοξίας, καθώς οι αιρέσεις πλήθαιναν και απειλούσαν τη γαλήνη των πιστών. Ο ίδιος δεν δίστασε ποτέ να σταθεί απέναντι στους ισχυρούς της εποχής του για χάρη της αλήθειας.

Όταν εμφανίστηκε η αίρεση του Νεστορίου, που βλασφημούσε εναντίον της Παναγίας και αρνιόταν τη θεότητα του Χριστού, συγκλήθηκε η Τρίτη Οικουμενική Σύνοδος στην πόλη της Εφέσου. Εκεί ο Ιουβενάλιος συντάχθηκε με τον άγιο Κύριλλο, πατριάρχη Αλεξανδρείας, και με τους υπόλοιπους αγίους πατέρες της οικουμένης. Μαζί καταδίκασαν τον Νεστόριο και την πλάνη του, στηρίζοντας τη διδασκαλία για τη Θεοτόκο και τη μία υπόσταση του Σωτήρα.

Μετά την κοίμηση του Θεοδοσίου ανέβηκαν στον θρόνο ο Μαρκιανός και η Πουλχερία, οπότε ξέσπασε νέα φοβερή αίρεση. Ο Διόσκορος και ο Ευτυχής δίδασκαν βλάσφημα ότι στον Χριστό υπήρχε μόνο μία φύση, η θεϊκή, που απορρόφησε την ανθρώπινη. Τότε συγκλήθηκε στην πόλη της Χαλκηδόνας η Τέταρτη Οικουμενική Σύνοδος των αγίων πατέρων της Εκκλησίας.

Ο Ιουβενάλιος έλαμψε ανάμεσά τους με την ευσέβειά του σαν αυγερινός μέσα στα αστέρια του ουρανού. Διασκόρπισε το σκοτάδι της κακοδοξίας και ομολόγησε ότι ο Κύριος έχει δύο φύσεις, θεία και ανθρώπινη. Οι δύο φύσεις ενώθηκαν ασύγχυτα και αδιαίρετα στο ένα πρόσωπο του Ιησού Χριστού.

Μετά το τέλος της συνόδου ο πατριάρχης επέστρεφε στην Παλαιστίνη, όταν εμφανίστηκε ένας ύπουλος αιρετικός με σχήμα μοναχού. Ονομαζόταν Θεοδόσιος και ακολουθούσε την πλάνη του Ευτυχούς, διαβάλλοντας τη σύνοδο της Χαλκηδόνας με ψεύδη και συκοφαντίες. Ο ίδιος είχε διωχθεί προηγουμένως από το μοναστήρι του στην Αλεξάνδρεια εξαιτίας της απιστίας και της κακίας του.

Στη συνέχεια προσκολλήθηκε στον ασεβή Διόσκορο και τιμωρήθηκε με σκληρό ξυλοδαρμό για τις ταραχές που προκάλεσε. Όταν έφτασε στους Αγίους Τόπους, βρήκε εκεί την αυτοκράτειρα Ευδοκία, χήρα του Θεοδοσίου του νεότερου. Εκείνη είχε ταξιδέψει στην Παλαιστίνη μετά τον θάνατο του συζύγου της για να προσκυνήσει τους ιερούς τόπους του Σωτήρα.

Ο πανούργος Θεοδόσιος έπεισε πρώτα την αυτοκράτειρα να αρνηθεί τη Χαλκηδόνα και κατόπιν παρέσυρε πολλούς άπειρους μοναχούς της ερήμου. Με τους οπαδούς του ξεσήκωσε ταραχή εναντίον του πατριάρχη Ιουβεναλίου, απαιτώντας να καταδικάσει τη σύνοδο. Επειδή ο άγιος αρνήθηκε σταθερά, τον εκθρόνισαν με βία και αναγκάστηκε να καταφύγει στην Κωνσταντινούπολη, κοντά στον αυτοκράτορα Μαρκιανό.

Ο αιρετικός Θεοδόσιος, με τη βοήθεια της Ευδοκίας και των πλανεμένων μοναχών, ανέβηκε στον πατριαρχικό θρόνο και προκάλεσε φοβερές συμφορές στους ορθοδόξους. Επισκόπους και κληρικούς που αρνούνταν την κοινωνία μαζί του τους καθαιρούσε ή τους παρέδιδε σε μαρτύρια και θάνατο. Έτσι φόνευσε τον επίσκοπο Σκυθουπόλεως Σεβηριανό, επειδή δεν δέχτηκε τη βλάσφημη διδασκαλία του ψευδοπατριάρχη.

Όλη η Παλαιστίνη βυθίστηκε σε ταραχή και η Αγία Πόλη έμοιαζε λεηλατημένη από βαρβάρους εισβολείς. Οι πατέρες της ερήμου, λυπημένοι για τον διωγμό, κρύφτηκαν στις πιο απομακρυσμένες ερημιές με δάκρυα και προσευχή. Στον κλήρο των Ιεροσολύμων υπήρχε τότε ένας ζηλωτής διάκονος, ο Αθανάσιος, άνδρας μορφωμένος και θαρραλέος.

Εκείνος στάθηκε μπροστά στον Θεοδόσιο και του φώναξε δυνατά να σταματήσει τους φόνους και τον πόλεμο εναντίον του Χριστού. Αμέσως τον άρπαξαν οι δορυφόροι του ψευδοπατριάρχη, τον βασάνισαν φρικτά και τον θανάτωσαν με πέλεκυ μέσα στην οργή τους. Το σώμα του το έσυραν δεμένο από τα πόδια σε όλη την πόλη και τέλος το πέταξαν στα σκυλιά για τροφή.

Στρατηγός της Παλαιστίνης ήταν τότε ο Δωρόθεος, ο οποίος βρισκόταν μακριά στον πόλεμο εναντίον των Μωαβιτών. Όταν πληροφορήθηκε τα φοβερά γεγονότα της Αγίας Πόλης, επέστρεψε γρήγορα με τον στρατό του στα Ιεροσόλυμα. Όμως οι άνθρωποι του Θεοδοσίου και της Ευδοκίας έκλεισαν τις πύλες μπροστά του και απαίτησαν ομολογία πίστης πριν τον αφήσουν να μπει μέσα.

Ο ψευδοπατριάρχης παρέμεινε στον θρόνο των Ιεροσολύμων είκοσι ολόκληρους μήνες, ώσπου ο αυτοκράτορας διέταξε τη σύλληψή του. Έπρεπε να σταλεί δέσμιος ως στασιαστής και φονιάς στην Κωνσταντινούπολη για δίκη ενώπιον του Μαρκιανού. Ο Θεοδόσιος όμως έμαθε εγκαίρως τη διαταγή και έφυγε κρυφά, βρίσκοντας καταφύγιο στο όρος Σινά.

Τότε ο άγιος Ιουβενάλιος, που τιμούσαν ιδιαίτερα ο αυτοκράτορας Μαρκιανός, η Πουλχερία και ο πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως Ανατόλιος, επέστρεψε στον θρόνο του. Με τη συγκατάθεση του αυτοκράτορα έφτασε στα Ιεροσόλυμα και άρχισε να αποκαθιστά την τάξη στην Εκκλησία. Οι πατέρες της ερήμου πληροφορήθηκαν την επιστροφή του και επέστρεψαν με χαρά μεγάλη ο καθένας στα παλιά του ασκητήρια.

Η αυτοκράτειρα Ευδοκία, που είχε παρασυρθεί στην πλάνη από τον Θεοδόσιο, ταλαντευόταν στην ψυχή της και αναζητούσε φως. Έστειλε λοιπόν απεσταλμένο στην Αντιόχεια, στον όσιο Συμεών τον στυλίτη, ζητώντας ψυχωφελή συμβουλή και πνευματική καθοδήγηση. Εκείνος της απάντησε με γράμμα να συμφιλιωθεί αμέσως με τον ορθόδοξο πατριάρχη Ιουβενάλιο και τη διδασκαλία του.

Η αυτοκράτειρα υπάκουσε χωρίς δισταγμό και απαρνήθηκε δημόσια την αίρεση, ενώθηκε με την καθολική Εκκλησία. Βλέποντας το παράδειγμά της, αμέτρητο πλήθος λαϊκών και μοναχών που είχαν παραπλανηθεί επέστρεψε στην ορθόδοξη πίστη. Όταν ο Μαρκιανός και η Πουλχερία οικοδόμησαν στις Βλαχέρνες ναό προς τιμήν της Παναγίας, έγραψαν στον πατριάρχη Ιουβενάλιο.

Τον ρώτησαν αν γνώριζε πού βρισκόταν το σώμα της Θεοτόκου μετά την κοίμησή της. Ο άγιος απάντησε ότι δεν το γνωρίζει, αλλά τους θύμισε την αρχαία και αληθινή παράδοση της Εκκλησίας. Οι απόστολοι άκουσαν για τρεις ημέρες αγγελική υμνωδία γύρω από τον τάφο της Παναγίας μετά την ταφή.

Όταν άνοιξαν τον τάφο για χάρη ενός μαθητή που έλειπε, βρήκαν μόνο τα εντάφια σπάργανα της Θεομήτορος. Αφού έμαθαν αυτά οι βασιλείς, παρακάλεσαν τον πατριάρχη να τους στείλει τουλάχιστον τον σφραγισμένο τάφο μαζί με τα σπάργανα της Θεοτόκου. Ο άγιος Ιουβενάλιος εκπλήρωσε με προθυμία την επιθυμία τους και εκείνα τα ιερά σπάργανα κατατέθηκαν στον περίφημο ναό των Βλαχερνών.

Το υπόλοιπο της ζωής του ο άγιος το πέρασε ειρηνικά, ποιμαίνοντας με σύνεση και αγάπη το ποίμνιο της Αγίας Πόλης. Στόλιζε την Εκκλησία με τον λόγο, με την αγία βιοτή και με την άγρυπνη ποιμαντική του μέριμνα προς όλους. Ο ίδιος συνέγραψε λόγους για την Κοίμηση της Θεοτόκου και για τη θαυμαστή μετάσταση του πανάχραντου σώματός της.

Υπήρξε σύγχρονος των αυτοκρατόρων Θεοδοσίου του μικρού, της Πουλχερίας, του Μαρκιανού και του Λέοντος του πρώτου. Σύμφωνα με την πιθανότερη γνώμη, πατριάρχευσε είκοσι οκτώ συνεχόμενα χρόνια στον αγιασμένο θρόνο των Ιεροσολύμων. Συνολικά υπηρέτησε την Εκκλησία ως αρχιερέας τριάντα οκτώ ολόκληρα χρόνια, με ζήλο και αυτοθυσία μέχρι το τέλος.