Kur Avarët rrethuan Kostandinopojën në gjashtëqind e njëzet e gjashtë pas Krishtit, ikona e Vllahernitisës u vendos në muret dhe qyteti u shpëtua. I gjithë populli së bashku me patriarkun Sergji mbajti vigjilencë në kishën e shenjtë duke i kënduar Himnin Akathist Hyjlindëses. Kjo faltore ishte pelegrinazhi më i famshëm i Hyjlindës në kohën e mbretërimit dhe rrezatoi në të gjithë botën e krishterë për shekuj me radhë. Perandoresha Pulcheria e themeloi kishan pak para mesit të shekullit të pestë dhe së bashku me bashkëshortin e saj Marciano u kujdesën për dekorimin e tij. Nën Leon i Parë kompleksi u përfundua dhe fitoi një shkëlqim të veçantë, veçanërisht me krijimin e banjës së shenjtë dhe shenjtërimin e mrekullueshëm. Më pas u ndërtua kapela e Shën Sorout, për të marrë omoforin dhe Esthetën e shenjtë të Hyjlindëses nga Palestina. Kishës iu dhanë prona të konsiderueshme dhe pasuri të tjera për të përmbushur nevojat e komunitetit të madh të adhurimit. Më vonë, Justiniiani, gjatë mbretërimit të xhaxhait të tij Justiniit të Parë, modifikoi ndërtesën origjinale dhe ngriti një kube në një gjysmërreth të formuar nga kolonat. Riorganizimi i kishat u vazhdua nga shumë perandorë, të cilët me donacione dhe interesa personale mbështetën këtë qendër të shkëlqyer të adhurimit të Virgjëreshës. Një e re nga Heraklioni zbulon madhësinë e nevojave liturgjike, pasi cakton gjithsej shtatëdhjetë e katër persona në shërbimin e shenjtërores. Midis tyre janë dymbëdhjetë priftërinj, tetëmbëdhjetë dhjakë, gjashtë dhjakë, tetë nëndiakonë, njëzet lexues, katër psaltë dhe gjashtë portierë për të gjitha shërbimet. Justinii II shtoi dy harqe dhe përforcoi formën e kryqit në këtë ndërtesë madhështore. Në një fazë të mëvonshme Romanosi i Tretë Argyros dekoroi brendësinë e harqeve me ar dhe argjend. Roli i kishat ishte vendimtar gjatë ikonoklasizmit, dhe veçanërisht nën Konstandinin e Pestë ikonoklastit. Për shkak se ishte një qendër kulti orthodhokse paralelisht me Shën Sofinë, programi ikonografik i saj u shkatërrua plotësisht. Çdo të premte u mbajtën vigjilje gjatë gjithë natës kushtuar ikonës mrekullibërëse të Hyjlindës me një pjesëmarrje të madhe të besimtarëve. Ikonoklasistët zëvendësuan figurat e Krishtit, të Hyjlindës dhe të shenjtorëve me paraqitje pemësh, zogjsh dhe bishash të llojeve të ndryshme. Jeta e Shën Stefanit të Ri, e shkruar në fillim të shekullit të nëntë, dëshmon se kisha u shndërrua në një kopsht frutor dhe një zogj. Më pas u zhduk edhe ikona historike prej druri, argjend-ar, e Hyjlindës, e cila për shekuj ishte krenaria e qytetit mbretëror. Sipas traditës, ikona u rizbulua e fshehur në mur gjatë punimeve të rinovimit nën Romanus të Tretë të Argyros. Tashmë ishte formuar tipi ikonografik i Hyjlindës së Blachernitissë, i cili u përhap me kopje në mbarë botën e krishterë. Hyjlindëse është paraqitur gjatë gjithë gjatësisë dhe ballore, me duar të ngritura, ndërsa në gjoks mban një medalje me bekimin e Krishtit. Me ikonën lidhet edhe mrekullia e velinës, e cila u hoq nga fytyra e Hyjlindëses në varësi të rastit. Këtë fakt në veprën e saj madhështore na e bën të ditur historiania Anna Komneni, e bija e Aleksit. Në 1770 pas Krishtit kisha u shkatërrua nga një zjarr i madh, por ajo u rindërtua shpejt me ndihmën e perandorëve Romanus Diogenes i Katërt dhe Mihail Duka i Shtatë. Kompleksi u dogj përgjithmonë pak para vjeshtës, kur fisnikët u ngjitën në çati për të kapur pëllumbat e vegjël. Me përfundimin e ikonoklazmës, nga kisha i Vllahernës filloi kremtimi i Orthodhoksisë, i cili u krijua për triumfin e ikonave të shenjta. Sipas traditës, ikona e Krishtit dhe letra e mbretit Avgarus nga Edessa u vendosën më vonë në kapelë. Pas rënies nga kryqtarët në shekullin e trembëdhjetë, kisha kaloi në duart e latinëve, derisa Joani Duka i Tretë Vatatzis e bleu atë. Piratët gjenovezë me motorët e tyre të rrethimit më vonë shkaktuan dëme serioze në shenjtërore në mesin e shekullit të katërmbëdhjetë. Sipas dëshmive që mbijetuan, kisha ndodhej pranë Bririt, jashtë mureve të vjetra të qytetit. Heraklioni murosi zonën për ta mbrojtur atë nga sulmet dhe bastisjet barbare. Kur pallati i Blacherna u themelua në shpatin e kodrës, kisha dhe pallati u lidhën me një shkallë dhe derë të veçantë. Perandorët shpesh merrnin pjesë në shërbime dhe tregonin respektin dhe besnikërinë e tyre në çdo mënyrë. Në fushata ata sollën me vete një ikonë të shenjtë të Vllahernitisës si mbrojtje e sigurt dhe mbështetje shpirtërore. Që nga vitet e patriarkut Timoteut, kremtimi dhe litania e ikonës së Hyjlindës u vendos çdo të premte në Chalkopratei. Në kishë kremtoheshin me karakter zyrtar edhe Hypapanti, e diela orthodhokse, e premtja e madhe dhe e marta e Pashkëve. Festimet e mëdha ishin edhe vendosja e velit të Hyjlindëses, hapja e kishat dhe përkujtimi i shpëtimit nga avaroporët. U nderua edhe Fjetja e Virgjëreshës dhe kujtimi i tërmetit të tmerrshëm që goditi qytetin në shekullin e tetë. Mega shenjtërorja përbëhej nga tre ndërtesa të veçanta, kisha qendrore, kapela e lipsaneve dhe lusma. Kisha kishte formën e një bazilike treanfëshe me çati druri, e ngjashme me Hyjlindësen e Chalkoprateisë dhe manastirin e Studiout. Veshja e brendshme kombinonte ortomarblimin me ngjyra, diasper jeshil në kolona dhe ar dhe argjend në tavan. Muret mbi ortomarblimin ishin zbukuruar me afreske dhe mozaikë me tema nga cikli kristologjik. Amberi ishte vendosur në mes të korridorit qendror dhe ishte tërësisht prej argjendi të pastër. Informacione të vlefshme për ilustrimin dhe pjesën tjetër të dekorimit të kishat na la ambasadori Clavichos, i cili vizitoi vendin në fillim të shekullit të XV. Në një tekst të mëvonshëm, Isidori i Kievit vajton për zhdukjen e kishat të mrekullueshëm dhe shpëton kujtimin e lavdisë së tij të mëparshme. Kapela e lipsaneve, ose kapela e Shëns sorou, ishte një ndërtesë rrethore me një narteks në jug të shenjtërores. Ajo strehonte omoforin e Virgjëreshës, velin e saj, Brezin e Shenjtë dhe lipsanin e shumë shenjtorëve. Pelegrinët rusë të shekujve të katërmbëdhjetë dhe të pesëmbëdhjetë përshkruajnë reliket dhe i referohen lipsanit të Patapius, Athanasi, Pantoleon dhe Anastasia. Burimi i shenjtë ishte i ndarë në tre pjesë, dhoma e zhveshjes, depozita dhe Shën Fotini, dhe komunikonte me kishëzën. Ajo strehohej me kupolë dhe muret ishin zbukuruar me ikona, ndërsa në një kamare të veçantë ishte ikona e Hyjlindëses. Perandori zbriste në rezervuar çdo të premte dhe lahej me nderim në ujërat shëruese. Nga duart e ikonës së mermertë të Hyjlindëses, shenjtëria u derdh drejt besimtarëve të devotshëm. Pas zjarrit të madh pak para Rënies dhe rënies përfundimtare të perandorisë, gjithçka u rrënua dhe shkreti tragjikisht. Fama dhe pasuria e shenjtërores së vjetër humbën dhe vetëm shenjtërorja mbeti si dëshmi e shkëlqimit të saj të dikurshëm. Zona i përkiste osmanëve për shekuj me radhë, deri në kohën kur u ble nga esnafi i gëzofëve orthodhoksë grekë. Ata ndërtuan mbi kishën e shenjtëruar, duke mbajtur të gjallë traditën dhe përkushtimin ndaj Hyjlindëses së Vllahernës. Me kalimin e kohës dhe me kujdesin e Patriarkanës Ekumenike, hapësirës së bekuar iu shtuan shtesa të tjera. Vendi antik dhe i rrethuar me mure fitoi gradualisht pamjen që ka sot, me pikën qendrore të referencës shenjtëroren e shenjtë. Katër afresket e piktorit Irinarchos Kova, të pikturuara mbi shenjtërore në mesin e shekullit të njëzetë, kujtojnë emocionet e shenjta dhe momentet e mëdha të kishës orthodhokse. Gërmimet e ardhshme në zonën më të gjerë kanë të ngjarë të zbulojnë rrënojat e kishës së madhe bizantine. Kështu, kujtimi i Hyjlindëses së Vllahernës mbetet i gjallë dhe shkëlqen në ndërgjegjen e popullit orthodhoks edhe sot e kësaj dite.