Pas shpërthimit të revolucionit në hegjemonitë danubiane, patriarku u urdhërua me firman të dërgonte disa nga kryepriftërinjtë e caktuar në Portë. Kur rebelimi i Peloponezit u vu në vëmendje të sulltanit, u kërkuan persona të veçantë dhe arrestimet e udhëheqësve u bënë gradualisht brenda disa ditësh. Dionisi i Efesit ishte i pari që u arrestua dhe u burgos, i ndjekur nga Athanasi i Nikomidhisë dhe Evgjeni i Anhialos, të cilët u dënuan me vdekje së bashku me patriarkun. Pas 10 prillit, mitropolitët Grigori i Derkës, Joanikios i Tërnovës, Dorotheu i Adrianopojës dhe Josifi i Selanikut u arrestuan dhe u burgosën në Furno të Bostanxhibashit. Burgosja e hierarkëve zgjati për një kohë të konsiderueshme në qelitë e lagështa dhe të errëta të Kostandinopojës. Më 27 maj, kur sulltani u informua për djegien e një anijeje turke me dy direkë në Lesbos, ai urdhëroi ekzekutimin e tyre në shenjë hakmarrjeje. Më 3 qershor, katër viktimat u dërguan me xhelatin e tyre në plazhin evropian të Bosforit për t’u ekzekutuar. I pari që u var ishte Joanikios i Tërnovës në Arnautkioi, pastaj Dorotheu i Adrianopojës në Megalo Reuma, i treti Josifi në Neochori dhe i fundit Grigori i Derkës në Therapia. Pas martirizimit të Josifit, pasuria e tij u konfiskua dhe Shkolla e qytetit të tij u privua nga mbështetja financiare që merrte.