Μετά την έκρηξη της επανάστασης στις παραδουνάβιες ηγεμονίες, ο πατριάρχης διατάχθηκε με φιρμάνι να αποστείλει στην Πύλη ορισμένους από τους προκρίτους αρχιερείς.

Όταν γνωστοποιήθηκε στον σουλτάνο η εξέγερση της Πελοποννήσου, ζητήθηκαν συγκεκριμένα πρόσωπα και οι συλλήψεις των ιεραρχών έγιναν σταδιακά μέσα σε λίγες ημέρες.

Πρώτος συνελήφθη και φυλακίσθηκε ο Εφέσου Διονύσιος, ενώ ακολούθησαν ο Νικομηδείας Αθανάσιος και ο Αγχιάλου Ευγένιος, οι οποίοι θανατώθηκαν μαζί με τον πατριάρχη.

Μετά τη δέκατη Απριλίου συνελήφθησαν και φυλακίσθηκαν στο Φούρνο του Μποσταντζήμπαση οι μητροπολίτες Δέρκων Γρηγόριος, Τυρνόβου Ιωαννίκιος, Αδριανουπόλεως Δωρόθεος και Θεσσαλονίκης Ιωσήφ.

Η φυλάκιση των ιεραρχών διήρκεσε για αρκετό χρονικό διάστημα μέσα στα υγρά και σκοτεινά κελιά της Κωνσταντινουπόλεως.

Στις είκοσι επτά Μαΐου, όταν ο σουλτάνος πληροφορήθηκε την πυρπόληση τουρκικού δικρότου στη Λέσβο, διέταξε για αντεκδίκηση τη θανάτωσή τους.

Στις τρεις Ιουνίου τα τέσσερα θύματα μεταφέρθηκαν μαζί με τον δήμιό τους στην ευρωπαϊκή παραλία του Βοσπόρου για να εκτελεσθούν.

Πρώτος απαγχονίσθηκε ο Τυρνόβου Ιωαννίκιος στο Αρναούτκιοϊ, μετά ο Αδριανουπόλεως στο Μεγάλο Ρεύμα, τρίτος ο Ιωσήφ στο Νεοχώρι και τελευταίος ο Δέρκων στα Θεραπειά.

Μετά τον μαρτυρικό θάνατο του Ιωσήφ η περιουσία του δημεύθηκε και η Σχολή της πατρίδας του στερήθηκε την οικονομική ενίσχυση που λάμβανε.