Ο Άγιος Γρηγόριος ο Παλαμάς αναζήτησε τον Νικόδημο για να υποταχθεί σε αυτόν και να μυηθεί κοντά του στη βαθύτερη ησυχαστική ζωή. Στον ίδιο Γέροντα ο μέγας θεολόγος έλαβε από τον Ευαγγελιστή Ιωάννη την προτροπή να επαναλαμβάνει την προσευχή «Φώτισόν μου το σκότος» κατά τη διάρκεια της άσκησής του. Ο Όσιος Νικόδημος, με το κοσμικό όνομα Νικηφόρος, ασκήτευε σε μικρό κελί κοντά στην ιερά μονή Βατοπαιδίου στις αρχές του δέκατου τέταρτου αιώνα μετά Χριστόν.

Είχε φθάσει στο Άγιον Όρος από το όρος του Αυξεντίου, ένα ξακουστό μοναστικό κέντρο της Μικράς Ασίας κοντά στη Χαλκηδόνα. Οι σκληρές τουρκικές επιδρομές τον ανάγκασαν να εγκαταλείψει εκείνη την περιοχή και να αναζητήσει ησυχία στον Άθωνα. Εκεί συνέχισε με μεγαλύτερη ένταση τους ασκητικούς του αγώνες, καρπό μιας μακράς πορείας αρετής που είχε ξεκινήσει στην πατρίδα του.

Η φήμη της αγιότητάς του απλώθηκε γρήγορα σε ολόκληρη την αγιορείτικη πολιτεία και προσέλκυσε κοντά του ψυχές που διψούσαν για τη γνήσια μοναχική ζωή. Ανάμεσά τους ήταν και ο νεαρός Γρηγόριος, ο οποίος αναγνώρισε στο πρόσωπο του Νικοδήμου τον αληθινό πατέρα του και ζήτησε να κοινωνήσει του χαρίσματός του. Ο Άγιος Φιλόθεος ο Κόκκινος, εξαίρετος βιογράφος του Παλαμά, μας πληροφορεί με θαυμασμό για τη συνάντηση των δύο αυτών αγίων ανδρών στη λαύρα του Βατοπαιδίου.

Περιγράφει τον Νικόδημο ως άνδρα θαυμαστό κατά την πράξη και τη θεωρία, γνωστό σχεδόν σε όλους τους κατοίκους του Άθωνα για την υψηλή του αρετή. Είχε διανύσει στο όρος του Αυξεντίου, στις παρυφές της Προποντίδας απέναντι από το Βυζάντιο, ολόκληρη την οδό της αρετής με σπάνια ένταση και προθυμία. Όταν μετακινήθηκε στο Βατοπαίδι, συνέχισε τους ίδιους αγώνες χωρίς να χαλαρώσει την πνευματική του εγρήγορση.

Ο Γρηγόριος τον πλησίασε στο ησυχαστήριό του με βαθιά ταπείνωση και ζήτησε να μπει κάτω από την πατρική του σκέπη. Δέχθηκε από τα χέρια του τη μοναχική κουρά και του παρέδωσε τον εαυτό του σε τέλεια και ολοκληρωτική υποταγή. Έτσι άρχισε μια σχέση πατρότητας και υιότητας που σφράγισε την πορεία του μελλοντικού αρχιεπισκόπου Θεσσαλονίκης.

Ο Νικόδημος δεν στάθηκε απλός καθοδηγητής, αλλά πραγματικός παιδαγωγός της ψυχής, ικανός να διακρίνει τα βάθη του μαθητή του. Μέσα από αυτή τη σχέση φαίνεται η σημασία του γνήσιου Γέροντα στη μοναχική παράδοση της Ορθοδοξίας. Δίπλα στον θεοφόρο Γέροντά του ο νεαρός Γρηγόριος έζησε χρόνια γεμάτα από βαθιά πνευματική εργασία και αδιάλειπτη άσκηση της προσευχής.

Είχε αποκτήσει τέλεια υπακοή, συνεχή νηστεία, ολονύκτια αγρυπνία και θερμή αγάπη προς την Παναγία και τους αγίους του Θεού. Η καρδιά του φλεγόταν από ακατάπαυστη ευχή, ενώ ο Νικόδημος τον οδηγούσε με σοφία σε όλο και υψηλότερες πνευματικές καταστάσεις. Σε μία από τις ώρες αυτές της προσευχής φανερώθηκε στον Γρηγόριο ο Ευαγγελιστής Ιωάννης ο Θεολόγος και του υπέδειξε μια ιδιαίτερη μορφή προσευχής.

Του παρήγγειλε να επαναλαμβάνει με συντριβή τη φράση «Φώτισόν μου το σκότος», ώστε να φωτιστούν τα κρυφά μέρη της ψυχής του. Ο Νικόδημος, ως διακριτικός και θεωρητικός πατέρας, παρακολουθούσε με προσοχή τις θείες εμπειρίες του μαθητή του και τις στήριζε με σύνεση. Διατηρούσε τον νεαρό υποτακτικό σε ισορροπία ανάμεσα στη χάρη και στην ταπείνωση, χωρίς ποτέ να αφήσει την έπαρση να εισχωρήσει.

Η πνευματική αυτή σύζευξη γέννησε τον μεγάλο διδάσκαλο της νοεράς προσευχής και υπερασπιστή του ησυχασμού. Έτσι ο Νικόδημος έγινε ρίζα μιας ολόκληρης παράδοσης που άνθισε στο Άγιον Όρος και ακτινοβόλησε σε όλο τον ορθόδοξο κόσμο. Όλοι οι βιογράφοι του Παλαμά αναφέρονται με σεβασμό και θαυμασμό στον Γέροντα Νικόδημο και τον προβάλλουν ως πρότυπο αγιορείτη μοναχού.

Τον ονομάζουν γενναίο και θαυμαστό μοναχό κατά την πράξη και τη θεωρία, αναγνωρισμένο σε ολόκληρο τον Άθωνα για την αρετή του. Ζούσε ησυχαστικά μέσα στο κελί του και χαρακτηριζόταν ως μεγάλος και πεπειραμένος Γέροντας ανάμεσα στους ασκητές της εποχής του. Πηγή όλων αυτών των πολύτιμων πληροφοριών παραμένει ο Άγιος Φιλόθεος ο Κόκκινος, μαθητής και αυτός της ίδιας παράδοσης.

Σύμφωνα με τη μαρτυρία του, ο Νικόδημος εκοιμήθη ευκλεώς και μακάριως, αφού είχε διανύσει τον τρίτο χρόνο από την αποταγή του Γρηγορίου στο μοναχικό σχήμα. Παρέδωσε την ψυχή του στον Κύριο πλήρης ημερών, τιμημένος από τον Θεό και τους ανθρώπους για τη μακρά αγωνιστική του πορεία. Ο Γρηγόριος έμεινε κοντά του συνολικά μία τριετία, διάστημα μικρό σε χρόνο αλλά απέραντο σε πνευματική καρποφορία.