Στο χέρι του νεκρού ιεράρχη τοποθετήθηκε επιστολή μετανοίας του τσάρου Αλεξίου Μιχαήλοβιτς, που ζητούσε συγχώρηση για τις αμαρτίες του προπάππου του, του φοβερού Ιβάν. Οι καμπάνες της Μόσχας χτυπούσαν ολημερίς σαν να ήταν Πάσχα, καθώς ο αθώος ποιμένας επέστρεφε επιτέλους στον θρόνο από τον οποίο τον είχαν διώξει βίαια. Ο άγιος Φίλιππος είχε υποστεί μαρτυρικό θάνατο και αρχικά ενταφιάστηκε στη μονή Οτρότσα της Τβερ.

Το σώμα του παρέμεινε εκεί άφθαρτο και πολύπαθο για αρκετά χρόνια, μαρτυρώντας σιωπηλά την αδικία που είχε υποστεί ο ίδιος. Οι μοναχοί της μονής Σολόβκι, όπου ο άγιος είχε διατελέσει ηγούμενος πριν ανέλθει στον μητροπολιτικό θρόνο, ζήτησαν την ανακομιδή των λειψάνων του στη μονή τους. Το αίτημά τους έγινε δεκτό και το ιερό σώμα μεταφέρθηκε στο μοναστήρι όπου είχε ασκηθεί ο ίδιος ως νέος μοναχός.

Εκεί τοποθετήθηκε σε τάφο που είχε ετοιμάσει ο άγιος μόνος του όσο ζούσε ακόμη, κάτω από τη στοά του ναού των αγίων Ζωσιμά και Σαββατίου. Δίπλα του βρισκόταν ο τάφος του γέροντα Ιωνά Σαμίν, του αγαπημένου του πνευματικού οδηγού στους μοναχικούς αγώνες της νεότητας. Την εικοστή ενάτη Απριλίου του χιλίοστού εξακοσίοστού τεσσαρακοστού ενάτου έτους εστάλη πατριαρχική επιστολή του Ιωσήφ προς τον ηγούμενο της μονής Σολόβκι Ηλία.

Η επιστολή αυτή αφορούσε την επίσημη ανακομιδή και αποκάλυψη των ιερών λειψάνων του αγίου Φιλίππου ενώπιον του πιστού λαού. Στις τριάντα ενός Μαΐου τα λείψανα μεταφέρθηκαν με ευλάβεια σε καινούρια λειψανοθήκη και τοποθετήθηκαν μέσα στον καθεδρικό ναό της Μεταμορφώσεως. Ύστερα από τρία χρόνια, ο μητροπολίτης Νόβγκοροντ Νίκων διατύπωσε μια σημαντική πρόταση προς τον πατριάρχη και τον τσάρο.

Πρότεινε δηλαδή να μεταφερθούν στη Μόσχα τα λείψανα τριών μαρτυρικών ιεραρχών, του μητροπολίτη Φιλίππου και των πατριαρχών Ιώβ και Ερμογένη. Με την ευλογία του πατριάρχη Ιωσήφ, ο Νίκων ξεκίνησε ο ίδιος το ταξίδι προς τα μακρινά νησιά Σολόβκι του βορρά. Η αποστολή του είχε ως σκοπό να παραλάβει με τιμές το ιερό σώμα του μάρτυρα ιεράρχη και να το οδηγήσει πίσω στην πρωτεύουσα.

Η επιστροφή του αγίου στη Μόσχα έγινε με κάθε δυνατή λαμπρότητα και βαθιά συγκίνηση όλου του ορθόδοξου λαού. Ολόκληρη η Ρωσία περίμενε με δέος τη συνάντηση με τον δικαιωμένο ποιμένα της. Πριν την αναχώρηση από τα Σολόβκι, στο χέρι του αγίου τοποθετήθηκε ένα συγκινητικό έγγραφο μετανοίας του τσάρου Αλεξίου Μιχαήλοβιτς.

Σε αυτό το έγγραφο ο νεαρός βασιλιάς ζητούσε ταπεινά συγχώρηση για τις αμαρτίες του προπάππου του Ιβάν του Τρομερού. Ο τσάρος ομολογούσε ότι ο πρόγονός του είχε υπερβεί τα όρια της κοσμικής εξουσίας απέναντι στην εξουσία της Εκκλησίας. Την τρίτη Ιουλίου τα ιερά λείψανα έφτασαν στη Μόσχα και υποδέχθηκαν με πανηγυρικό τρόπο από τον κλήρο και τον λαό.

Όπως ειπώθηκε εκείνη την ημέρα, ο αθώος και διωγμένος ποιμένας επέστρεφε επιτέλους στον θρόνο του. Μέσα στον καθεδρικό ναό της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, ο άγιος στάθηκε στη θέση του για δέκα ολόκληρες ημέρες. Από το πρωί μέχρι το βράδυ οι καμπάνες της πόλης ηχούσαν ασταμάτητα, σαν να βρισκόταν ολόκληρη η Μόσχα σε λαμπρή πασχαλινή πανήγυρη.

Έπειτα τα ιερά λείψανα τοποθετήθηκαν μόνιμα μέσα στον ίδιο καθεδρικό ναό, κοντά στη νότια θύρα του ιερού βήματος. Στο σημείο όπου ο κλήρος και ο λαός είχαν υποδεχθεί τον άγιο, υψώθηκε ένας μεγάλος τιμητικός σταυρός για παντοτινή ανάμνηση. Από εκείνον τον σταυρό πήρε αργότερα το όνομά του ένα ιστορικό σημείο της πόλης, κοντά στον σιδηροδρομικό σταθμό Ρίζσκι.