Në dorën e prelatit të vdekur u vendos një letër pendimi nga Car Alexei Mikhailovich, duke kërkuar falje për mëkatet e stërgjyshit të tij, Ivan the Terrible. Këmbanat e Moskës ranë gjithë ditën sikur të ishte Pashkë, pasi bariu i pafajshëm po kthehej më në fund në fronin nga i cili ishte përzënë me forcë. Shën Filipi kishte pësuar një vdekje martire dhe fillimisht u varros në manastirin Otrotsa të Tverit. Trupi i tij qëndroi aty i pakorruptueshëm dhe i shumëvuajtur për disa vite, duke dëshmuar në heshtje për padrejtësinë që kishte pësuar vetë. Murgjit e manastirit Solovki, ku shenjtori kishte shërbyer si igumen përpara se të ngjitej në fronin metropolitane, kërkuan dërgimin e eshtrave të tij në manastirin e tyre. Kërkesa e tyre u pranua dhe trupi i shenjtë u transferua në manastirin ku ai kishte ushtruar si murg i ri. Aty e vendosën në një varr që shenjtori e kishte përgatitur vetë sa ishte gjallë, nën portikun e kishës së Shën Zosimas dhe Savvatit. Pranë tij ishte varri i plakut Iona Samin, udhërrëfyesit të tij shpirtëror të dashur në betejat e vetmuara të rinisë. Më njëzet e nëntë prill të vitit njëmijë e gjashtëqind e dyzet e nëntë, një letër patriarkale e Jozefit iu dërgua abatit të manastirit Solovki Elias. Kjo letër kishte të bënte me mbledhjen dhe zbulimin zyrtar të relikteve të shenjta të Shën Filipit para besimtarëve. Më tridhjetë e një maj lipsane u transferuan me nderim në një relikare të re dhe u vendosën brenda Katedrales së Shndërrimit. Pas tre vjetësh, Mitropoliti Nikon i Novgorodit i bëri një propozim të rëndësishëm patriarkut dhe carit. Me fjalë të tjera, ai propozoi të transferohej në Moskë lipsana e tre hierarkëve martirë, Mitropolitit Filip dhe Patriarkëve Job dhe Hermogenes. Me bekimin e Patriarkut Jozef, vetë Nikoni filloi udhëtimin për në ishujt e largët Solovki të veriut. Misioni i tij ishte të priste me nder trupin e shenjtë të hierarkut martir dhe ta çonte përsëri në kryeqytet. Kthimi i shenjtorit në Moskë u bë me gjithë shkëlqimin e mundshëm dhe emocionin e thellë të të gjithë popullit ortodoks. E gjithë Rusia priste me frikë takimin me bariun e saj të drejtë. Para nisjes nga Solovki, një dokument lëvizës pendimi nga Tsar Alexei Mikhailovich u vendos në dorën e shenjtorit. Në këtë dokument, mbreti i ri kërkoi me përulësi falje për mëkatet e stërgjyshit të tij Ivan të Tmerrshëm. Cari pranoi se paraardhësi i tij kishte tejkaluar kufijtë e pushtetit laik përballë autoritetit të Kishës. Më 3 korrik, lipsani i shenjtë mbërriti në Moskë dhe u prit solemnisht nga kleri dhe populli. Siç thuhej atë ditë, bariu i pafajshëm dhe i përndjekur po kthehej më në fund në fronin e tij. Brenda Katedrales së Zonjës, shenjtori qëndroi në vendin e tij për dhjetë ditë të tëra. Nga mëngjesi në mbrëmje këmbanat e qytetit binin pandërprerë, sikur e gjithë Moska të ishte në një festë të lavdishme Pashke. Më pas, lipsani i shenjtë u vendos përgjithmonë brenda së njëjtës katedrale, pranë derës jugore të shkallës së shenjtë. Në pikën ku kleri dhe populli e kishin pritur shenjtorin, u ngrit një kryq i madh nderi për kujtim të përjetshëm. Një vend historik në qytet, pranë stacionit hekurudhor Rizski, mori më vonë emrin e tij nga ai kryq.