Σε ηλικία μόλις δέκα ετών παραδόθηκε στον θείο του, μοναχό της βυζαντινής μονής του Μεσοποτάμου, για να μάθει τις Άγιες Γραφές και τον δρόμο της Εκκλησίας. Λίγο αργότερα, παιδί ακόμη στην ψυχή, στεκόταν στο ένα πόδι και απήγγελλε ολόκληρο το Ψαλτήριο χωρίς να κάνει το παραμικρό λάθος. Ο Νήφων γεννήθηκε στο χωριό Λουκόβη της περιοχής των Αγίων Σαράντα, γιος ενός ευλαβούς ιερέα με βαθιά πίστη.

Από τα παιδικά του χρόνια έζησε μέσα σε αυστηρές χριστιανικές αρχές, με προσευχή, νηστεία και αγάπη για τα θεία. Στη μονή του Μεσοποτάμου διδάχθηκε τα ιερά γράμματα και αναδείχθηκε φωτεινός νέος, με σπάνια ευφυΐα και ταπείνωση. Έγινε μοναχός και γύρω στα είκοσι του χρόνια χειροτονήθηκε ιερέας από τους πατέρες της μονής.

Όμως η ψυχή του διψούσε για ησυχία και βαθύτερη μοναξιά, μακριά από τον θόρυβο των ανθρώπων. Άφησε λοιπόν τη μονή και έγινε υποτακτικός σε έναν Σιναΐτη γέροντα στο όρος Γκιρομέρι της Ηπείρου. Εκεί έμαθε την τέχνη της εσωτερικής προσευχής και προετοιμάστηκε για τη μεγάλη του πορεία στο Άγιον Όρος.

Από τη δίψα για ακόμη μεγαλύτερη ησυχία, ο Νήφων κατέφυγε στο Άγιον Όρος και εγκαταστάθηκε στο κάθισμα του Οσίου Πέτρου του Αθωνίτη, στην περιοχή της Μεγίστης Λαύρας. Πνευματικός του οδηγός εκεί έγινε ο ασκητής Θεόγνωστος, άνθρωπος αυστηρός και έμπειρος στους πνευματικούς αγώνες. Μετά από τρία χρόνια ο γέροντας ανακάλυψε ότι ο μαθητής του ήταν ιερωμένος και άρχισε να του φέρεται σαν ίσος.

Ο όσιος όμως αγαπούσε την ταπείνωση και έφυγε αμέσως, για να μην χάσει το χάρισμα της υπακοής. Έζησε σε διάφορες περιοχές του Όρους, ξεκινώντας από τον σημερινό χώρο της Σκήτης της Αγίας Άννας με σκληρή άσκηση. Κατόπιν συνδέθηκε στενά με τον Όσιο Μάξιμο τον Καυσοκαλυβίτη, του οποίου έγινε αργότερα ο πρώτος βιογράφος του βίου.

Έπειτα κατέληξε σε μια σπηλιά κοντά στη θάλασσα, μπροστά από τα σημερινά Καυσοκαλύβια του Άθωνα. Εκεί παρέμεινε για πολλά χρόνια προσευχόμενος, νηστεύοντας και αγωνιζόμενος ενάντια στους πειρασμούς της σάρκας. Η φήμη του απλώθηκε σιγά σιγά σε όλη τη χερσόνησο και πλήθος μοναχών αναζητούσε τη συμβουλή και την ευλογία του ταπεινού.

Για πολλά χρόνια ο όσιος τρεφόταν με ξερό ψωμί, το οποίο γευόταν μία μόνο φορά την εβδομάδα με απίστευτη εγκράτεια. Για ένα διάστημα μάλιστα τρεφόταν αποκλειστικά με άγρια χόρτα και ζούσε κάτω από τον ανοιχτό ουρανό, χωρίς στέγη ή καλύβα. Κάποιοι ζηλόφθονοι μοναχοί τον κατηγόρησαν ότι είχε πλανηθεί από τον διάβολο και του ζήτησαν να αλλάξει τρόπο ζωής.

Ο Νήφων υπάκουσε αμέσως με βαθιά ταπείνωση, χωρίς να δικαιολογηθεί ή να αντισταθεί στις άδικες κατηγορίες. Ο Θεός όμως φανέρωσε την αγιότητά του με πολλά χαρίσματα και θαυμαστά σημεία ανάμεσα στους αδελφούς. Προέβλεπε γεγονότα που συνέβαιναν μακριά, θεράπευε ασθένειες του σώματος και της ψυχής και βοηθούσε όσους κατέφευγαν κοντά του.

Πολλοί μοναχοί τον πλησίαζαν για πνευματική καθοδήγηση, όμως εκείνος έφυγε ξανά για να μην χάνει την ησυχία και την προσευχή του. Μόνο δύο μοναχοί παρέμειναν μαζί του, οι συμπατριώτες του Μάρκος και Γαβριήλ, αφοσιωμένοι στον γέροντα. Μαζί τους έζησε τα τελευταία χρόνια της επίγειας ζωής του με ησυχία, σιωπή και αδιάλειπτη καρδιακή προσευχή.

Ο όσιος γνώριζε εκ των προτέρων την ημέρα της κοιμήσεώς του, την οποία περίμενε με χαρά και πνευματική ετοιμασία. Όταν ήρθε η ώρα, το γέρικο πρόσωπό του έλαμψε ξαφνικά σαν τον ήλιο, φανερώνοντας τη δόξα που είχε αποκτήσει η ψυχή του. Κοιμήθηκε ειρηνικά την Κυριακή, στις δεκατέσσερις Ιουνίου του χίλια τετρακόσια ένδεκα, σε ηλικία ενενήντα έξι ετών.

Οι δύο πιστοί του υποτακτικοί, ο Μάρκος και ο Γαβριήλ, στάθηκαν δίπλα του και τον συνόδευσαν στην τελευταία του προσευχή. Το όνομα Νήφων στα ελληνικά σημαίνει ο νηφάλιος, ο διαυγής και πάντοτε έτοιμος για τα πνευματικά. Ολόκληρη η ζωή του υπήρξε αληθινή φανέρωση αυτού του ονόματος, με νήψη, διάκριση και ακοίμητη εγρήγορση της καρδιάς.

Από παιδί στη Λουκόβη μέχρι ασκητής στα Καυσοκαλύβια, βάδισε σταθερά τον δρόμο της ταπεινώσεως. Άφησε πίσω του τη μορφή του πρώτου βιογράφου του Οσίου Μαξίμου του Καυσοκαλυβίτη, αγαπημένου του φίλου και συνασκητή. Η Εκκλησία τιμά τη μνήμη του στις δεκατέσσερις Ιουνίου, μαζί με τους μεγάλους πατέρες του Αγίου Όρους.