Ο άγιος Πατριάρχης, με την έμφυτη ανεξικακία του, δεν επέτρεψε να εκτελεστεί η ποινή του θανάτου εναντίον των συκοφαντών. Τους χάρισε ακόμη και τις προβλεπόμενες σωματικές τιμωρίες, δείχνοντας πραγματικό πνεύμα ευαγγελικής συγγνώμης. Τους έβαλε μόνο μία ελαφριά επιτίμηση, να έρχονται με κεριά αναμμένα από τον ναό των Βλαχερνών στην Αγία Σοφία τις εορτές.

Εκεί άκουγαν με σεμνότητα την ανάγνωση του αναθέματος και επέστρεφαν στα σπίτια τους ταπεινωμένοι. Με τον τρόπο αυτό κλείστηκαν τα στόματα των αιρετικών και η εικονομαχία εξαφανίστηκε οριστικά από την Κωνσταντινούπολη. Ο Μεθόδιος, αναγνωρίζοντας τη σημασία των αγίων λειψάνων, φρόντισε να συγκεντρώσει όσα είχαν διασκορπίσει οι εικονομάχοι κατά τη μακρά περίοδο των διωγμών.

Έφερε με μεγάλη τιμή στην πρωτεύουσα τα άφθαρτα λείψανα του οσίου Θεοδώρου του Στουδίτου, δεκαοκτώ χρόνια μετά την κοίμησή του. Μετέφερε επίσης από τον τόπο της εξορίας του τα τίμια λείψανα του Πατριάρχου Νικηφόρου, του πνευματικού του πατέρα και προστάτη. Φρόντιζε με αγάπη το ποίμνιο, ανακαίνιζε τους ναούς και δίδασκε σταθερά την αλήθεια της Ορθοδοξίας.

Ο όσιος Ιωαννίκιος του προφήτευσε και τον χρόνο της κοιμήσεώς του, καθώς και οι δύο είχαν χάρισμα προοράσεως. Τρεις ημέρες μετά την επίσκεψη του Πατριάρχη, ο όσιος Ιωαννίκιος αναπαύθηκε ειρηνικά στον Κύριο. Επτά μήνες αργότερα, στις δεκατέσσερις Ιουνίου, εκοιμήθη και ο άγιος Μεθόδιος, αφού ποίμανε τέσσερα χρόνια την Εκκλησία του Χριστού.