Ο άγιος όμως κουβαλούσε μια σκιά μέσα στην αγία ψυχή του, καθώς αδίκως οργιζόταν εναντίον του Ιωάννου του Χρυσοστόμου.

Είχε ακούσει συκοφαντίες από τον θείο του Θεόφιλο και αρνιόταν να γράψει το όνομα του οικουμενικού διδασκάλου στα ιερά δίπτυχα της Εκκλησίας.

Ο Ισίδωρος ο Πηλουσιώτης τού έγραψε επανειλημμένα και τον προέτρεψε να εξετάσει με δικαιοσύνη και νηφαλιότητα την υπόθεση εκείνη.

Τότε ο άγιος είδε σε όραμα έναν λαμπρό ναό, γεμάτο αγγέλους και αγίους γύρω από την Παναγία.

Ανάμεσά τους στεκόταν ο Χρυσόστομος, ο οποίος τον εμπόδιζε να πλησιάσει την Δέσποινα του ουρανού.

Η Θεοτόκος όμως μεσίτευσε λέγοντας: «Συγχώρεσέ τον για χάρη μου, διότι κοπίασε για τη δική μου τιμή».

Ο Χρυσόστομος τότε τον ασπάστηκε με αγάπη, και ο Κύριλλος ξύπνησε με δάκρυα μετανοίας.

Συγκάλεσε όλους τους Αιγυπτίους επισκόπους και τέλεσε λαμπρή εορτή προς τιμήν του Χρυσοστόμου.

Έζησε στον θρόνο της Αλεξανδρείας τριάντα δύο ολόκληρα χρόνια, καθαρίζοντας την Εκκλησία από τις αιρέσεις και αφήνοντας πλήθος θεολογικών συγγραμμάτων.

Κοιμήθηκε ειρηνικά εν Κυρίω το τετρακοσιοστό τεσσαρακοστό τέταρτο έτος, και η Παναγία η ίδια παρέστη στην έξοδο της δίκαιης ψυχής του.