Mirëpo, shenjtori mbante një hije në shpirtin e tij të shenjtë, ndërsa tërbohej padrejtësisht kundër Joani Gojartit. Ai kishte dëgjuar shpifje nga xhaxhai i tij Theophilos dhe nuk pranoi të shkruante emrin e mësuesit ekumenik në diptikët e shenjtë të Kishës. Isidore Peluzioti i shkruante vazhdimisht dhe e nxiti që ta shqyrtonte me drejtësi dhe maturi atë çështje. Më pas shenjtori pa në vegim një tempull të lavdishëm, plot me engjëj dhe shenjtorë përreth Hyjlindëses. Mes tyre qëndronte Chrysostomos, i cili e pengoi të afrohej me Zonjën e Qiellit. Por Hyjlindëse ndërmjetësoi duke thënë: “Faleni për hirin tim, se u mundua për nderin tim”. Atëherë Krizostomi e përqafoi me dashuri dhe Cirili u zgjua me lot pendimi. Ai mblodhi të gjithë peshkopët egjiptianë dhe mbajti një festë të lavdishme për nder të Krizostomit. Ai jetoi në fronin e Aleksandrisë për plot tridhjetë e dy vjet, duke pastruar Kishën nga herezitë dhe duke lënë një mori shkrimesh teologjike. Ai fjeti i qetë në Zotin në vitin e katërqind e dyzet e katërt dhe vetë Hyjlindëse mori pjesë në ikjen e shpirtit të tij të drejtë.