Mirëpo, shenjtori mbante një hije në shpirtin e tij të shenjtë, ndërsa tërbohej padrejtësisht kundër Joan Gojartit. Ai kishte dëgjuar shpifje nga xhaxhai i tij Theofili dhe nuk pranoi të shkruante emrin e mësuesit ekumenik në diptikët e shenjtë të Kishës. Isidori Pilusioti i shkruante vazhdimisht dhe e nxiti që ta shqyrtonte me drejtësi dhe maturi atë çështje. Më pas shenjtori pa në vegim një kishë të lavdishme, plot me engjëj dhe shenjtorë përreth Hyjlindëses. Mes tyre qëndronte Krizostomi, i cili e pengoi të afrohej me Zonjën e Qiellit. Por Hyjlindësja ndërmjetësoi duke thënë: “Faleni për hirin tim, se u mundua për nderin tim”. Atëherë Krizostomi e përqafoi me dashuri dhe Kirili u zgjua me lot pendimi. Ai mblodhi të gjithë peshkopët egjiptianë dhe mbajti një festë të lavdishme për nder të Krizostomit. Ai jetoi në fronin e Aleksandrisë për plot tridhjetë e dy vjet, duke pastruar Kishën nga herezitë dhe duke lënë një mori shkrimesh theologjike. Ai fjeti i qetë në Zotin në vitin 444 dhe vetë Hyjlindësja mori pjesë në ikjen e shpirtit të tij të drejtë.