Në vitet 60-të kur Anastasi u sëmur për herë të parë nga malarja, mjekët i patën thënë se nuk do të mund të punonte asnjëherë si misionar nëpër botë, por përkujdesja e Perëndisë nuk tha të njëjtën gjë. Në vitet 80-të, Kisha Orthodhokse e Afrikës Lindore po përballej me vështirësi të mëdha. Kjo zonë kishte qenë fusha misionare më aktive në botë dy dekadat e fundit. Themeli i Kishës ishte megjithatë në rrezik nga probleme të brendshme, që më së fundi çuan në çkishërimin e Episkopit të Kenias nga Patriarkana e Aleksandrisë. Kisha Orthodhokse e Afrikës Lindore dukej sikur ishte në buzë të dështimit.
Gjatë kësaj kohe Patriku Nikolla, kreu i Kishës Orthodhokse në Afrikë, e ftoi Episkopin Anastas të bëhej Kryepiskop i Kryepiskopatës së Afrikës Lindore. Episkopi pranoi, por vazhdoi të ruante përgjegjësitë e tij në Universitetin e Athinës edhe tek Apostoliki Dhiakonia. Gjatë kësaj periudhe tranzicioni, ai vuri re se roli i tij ishte ai i riorganizuesit të Kishës së Afrikës Lindore. Qëllimi i tij kryesor ishte të ngrinte një bashkësi të fuqishme orthodhokse me udhëheqës vendas.
Duke vënë theksin në përgatitjen dhe formimin e udhëheqësve vendas, Kryepiskopi Anastas i mbeti besnik traditës misionare orthodhokse. Ashtu siç edhe thoshte në një shkrim të mëparshëm: ”Mishërimi” i fjalës së Perëndisë, në gjuhën dhe zakonet e një vendi, ka qënë dhe duhet të jetë shqetësimi i parë i gjithë misionit orthodhoks. Qëllimi i tij është ngritja dhe rritja e një Kishe kombëtare, të vetfuqishme dhe vetqeverisëse, të aftë për të vënë në shërbim të gjitha copëzat e traditave kombëtare, duke i shndërruar dhe shenjtëruar ato në harmoni me natyrën e njerëzve për lavdi të Perëndisë”.
Në vitin 1972, Kryepiskopi Makarios III i Qipros, filloi të ndërtonte një seminar orthodhoks në Nairobi të Kenias, por paqëndrueshmëria politike në Qipro e pengoi Kryepiskopin të përfundonte këtë projekt. Shkolla mbeti e mbyllur për 10 vjet. Puna e parë e Kryepiskopit Anastas si udhëheqës i ri i Kishës ishte që të përfundonte së ndërtuari seminarin dhe ta hapte menjëherë. Gjatë viteve 70-të shumë besimtarë të Kishës Orthodhokse Afrikane u zhgënjyen dhe u ligështuan për Kishën, që s’po bënte përpara dhe filluan të largohen. Anastasi kuptoi se, mënyra e vetme për t’i kthyer këta njerëz dhe për të sjellë edhe besimtarë të rinj, ishte përgatitja e udhëheqësve dhe priftërinjve vendas. Prandaj, Kryepiskopi hapi zyrtarisht Seminarin Patriarkal Orthodhoks “Kryepiskopi Makari III”, në vitin 1982. Gjatë dekadës që pasoi, shkolla kishte mesatarisht 45 studentë në vit dhe 12 profesorë nga Afrika Lindore, Evropa dhe Shtetet e Bashkuara. Kryepiskopi në fuqi, dorëzoi 62 priftërinj dhe dhjakonë, si dhe 42 lexues dhe katekistë. Të gjithë ata kishin mbaruar seminarin. Këta udhëheqës vendas ishin nga 8 fise të ndryshme të Kenias, Ugandës dhe Tanzanisë. Ishin ata që hodhën themelet e rilindjes së Kishës në Afrikën Lindore.
Përveç përgatitjes së udhëheqësve vendas, Kryepiskopi gjithashtu përkrahu traditën misionare Orthodhokse të përkthimeve, për të cilën ai vetë besonte se ishte miratuar nga Krishti gjatë Pentikostisë. Prandaj, u vuri përparësi botimeve dhe organizoi përkthime të shërbesave në 7 gjuhë të ndryshme. Ai u përpoq gjithashtu të krijonte një ndjenjë vazhdimësie në strukturat e Kishës, duke drejtuar ndërtimin e 67 kishave, 23 prej të cilave ishin prej guri dhe 44 prej druri dhe balte. Ai ndihmoi edhe për restaurimin e 25 kishave ekzistuese. Arritjet në fushën e ndërtimeve përfshinin dhe 7 ndërtesa për misionarët, 7 qendra mjeksore, 5 shkolla fillore dhe 12 shkolla infermjerie.
Puna e tij në Afrikë tërhoqi vëmendjen e mbarë botës. Kisha Orthodhokse Greke në Amerikë e ndihmoi duke dërguar misionarë në Afrikën Lindore. Ndikimi i fuqishëm i këtyre misionarëve u ndje jo vetëm brenda Kishës së Afrikës Lindore, por edhe në të gjithë Amerikën. Shumë misionarë, që qëndronin për një kohë të shkurtër, u kthyen në Amerikë dhe ndihmuan që të rritej ndërgjegjia misionare në dioqezat e tyre. Kisha Orthodhokse në Greqi dhe në Finlandë gjithashtu iu përgjigj një serie leksionesh që Kryepiskopi dha për urdhërin e misionarizmit, duke dërguar grupe misionarësh në Kenia.
Aspekti më i rëndësishëm i punës së Kryepiskopit Anastas në Afrikën Lindore, nuk ishte dorëzimi i klerikëve, as botimet dhe as interesi për mision që krijuan grupet misionare, por përpjekjet e tij për t’u bashkuar me të krishterët vendas. Duke e personifikuar veten e tij me të krishterët orthodhoksë të këtij vendi ai i inkurajoi dhe i fuqizoi ata për të përqafuar besimin, sikur ky të ishte besimi i tyre. Si rezultat i kësaj, Kisha në Afrikën Lindore vazhdoi të rritej edhe pas largimit të tij në vitin 1991.
Përveç arritjeve të tij në Afrikë, Episkopi Anastas ka lënë gjurmë në mënyra të ndryshme. Në vitin 1981 Episkopi filloi të botonte, nën mbikqyrjen e Apostoliki Dhiakonia-s, revistën e parë zyrtare misionarë të Kishës së Greqisë, të titulluar ”Panda ta ethni” (Të gjithë kombet). Kjo revistë vazhdon të japë informacion për misionet dhe të nxisë të krishterët orthodhoksë në Greqi për t’ju përgjigjur urdhërimit misionar.
Gjithashtu gjatë viteve 80-të Episkopi Anastas shtoi aktivitetin e tij me Këshllin Botëror të Kishave. Pas pjesëmarrjes së tij në Konferencën për Misionin Botëror në Melburn, në vitin 1980, po ashtu dhe në Asamblenë e Përgjithshme të KBK në Vankuver, në vitin 1983, Episkopi u bë Presidenti Koordinues i Këshillit Botëror të Misionit dhe Ungjillëzimit, gjatë viteve 1984-1991, dhe drejtoi Konferencën për Misionin Botëror në San Antonio, në vitin 1989. Ndikimi i tij i fuqishëm misiologjik nuk frymëzoi vetëm botën orthodhokse, por gjithashtu preku edhe qarqet e bordit ekumenik. Ashtu si ka thënë dhe teologu i famshëm protestant dhe misionar David Bosch: “Anastasi ka mbetur forca që drejton lëvizjen misionare në Orthodhoksi dhe që kur Kishat Orthodhokse u pranuan në Këshillin Botëror të Kishave, në vitin 1961, ai dhe të tjerë i kanë dhënë një ndihmesë shumë të madhe mendimit dhe praktikës misionare në qarqet ekumenike. Takimi mes Orthodhoksisë dhe Protestantizmit në fushën e misiologjisë ka qenë me të vërtetë një epokë e rëndësishme e ripërtëritjes teologjike në Lëvizjen Ekumenike që prej vitit 1961. Vetëm tre fjalime u lexuan gjatë seancave më të rëndësishme të konferencës gjatë ditëve të para…, ndërsa dy fjalimet e para ishin interesante dhe sfiduese, ishte prezantimi i Anastasit ai që siguroi një përkufizim teologjik për temën e konferencës “U bëftë vullneti Yt”. Nisma e përgjithshme e tij ishte me të vërtetë ekumenike në kuptimin më të mirë të fjalës.”
