Ένα ήμερο ελάφι, που ο ίδιος ο Άγιος είχε αναθρέψει με τα χέρια του, ερχόταν κάθε χρόνο στον τόπο του μαρτυρίου του φέρνοντας μαζί τα μικρά του. Ο Επίσκοπος Αθηνογένης, λίγο πριν τον αποκεφαλισμό του, άκουσε φωνή από τον ουρανό που του υποσχόταν τον Παράδεισο μαζί με τους δέκα μαθητές του. Η μνήμη του τιμάται στις δεκαέξι Ιουλίου και συνδέεται με τη σκληρή εποχή του ασεβούς αυτοκράτορα Διοκλητιανού.

Τότε ο διωγμός κατά των χριστιανών ήταν τόσο άγριος, ώστε ακόμη και συγγενείς πρόδιδαν ο ένας τον άλλον από τον φόβο του Καίσαρα. Στην αρμενική πόλη Σεβάστεια έφτασε κάποιος ηγεμόνας με το όνομα Φιλόμαρχος και διέταξε δημόσια θυσία στα είδωλα. Συγκέντρωσε πλήθος ιερέων με στεφάνια στα κεφάλια και πρόσταξε να ηχήσουν σάλπιγγες, κύμβαλα και αυλοί προς τιμή των ψεύτικων θεών του.

Ο κήρυκας φώναζε στον λαό να υπακούσει στη βασιλική προσταγή και να θυσιάσει στους θεούς. Όμως οι κάτοικοι της Σεβάστειας, στη συντριπτική πλειονότητά τους χριστιανοί, αρνήθηκαν με μια φωνή να προσκυνήσουν τα είδωλα. Ο ηγεμόνας οργίστηκε και διέταξε τους στρατιώτες του να σφάξουν όσους αντιστέκονταν στη βλάσφημη γιορτή.

Πολλοί πιστοί δέχτηκαν εκείνη την ημέρα τον στέφανο του μαρτυρίου και πέρασαν με χαρά στις ουράνιες σκηνές. Μετά τη σφαγή πλησίασε τον ηγεμόνα ένας αξιωματικός με το όνομα Νικόλαος και του μίλησε με μίσος για τον Επίσκοπο Αθηνογένη. Του είπε ότι ο Άγιος ζούσε στο χωριό Πιδαχθόη και τραβούσε πολλούς ανθρώπους κοντά στην πίστη του Χριστού.

Ο Φιλόμαρχος έστειλε αμέσως στρατιώτες να συλλάβουν τον Επίσκοπο και να τον φέρουν δεμένο στη Σεβάστεια. Κοντά στο χωριό βρισκόταν ένα μικρό μοναστήρι, όπου ο Άγιος ασκούνταν με δέκα μαθητές του σε νηστεία και αδιάλειπτη προσευχή. Όταν έφτασαν οι στρατιώτες, δεν βρήκαν τον γέροντα, γιατί είχε αναχωρήσει για κάποια διακονία έξω από τη μονή.

Έδεσαν τότε τους δέκα μαθητές και τους οδήγησαν σιδηροδέσμιους στην πόλη μπροστά στον δικαστή. Ο ηγεμόνας πρόσταξε να ριχτούν στη φυλακή με βαριές αλυσίδες και να φρουρούνται αυστηρά νύχτα και ημέρα. Έπειτα έδωσε εντολή στους άντρες του να ψάξουν παντού μέχρι να εντοπίσουν τον ίδιο τον διδάσκαλο.

Οι στρατιώτες σκόρπισαν στις γύρω περιοχές αναζητώντας τον με επιμονή. Ο Άγιος Αθηνογένης, μόλις γύρισε στη μονή και είδε άδειο το κελί των μαθητών του, μπήκε στον ναό με δάκρυα. Κοίταξε τον τίμιο σταυρό και ρώτησε με σπαραγμό πού βρίσκονταν τα παιδιά που είχε εμπιστευτεί στον Κύριο.

Τότε έτρεξε κοντά του ένα ήμερο ελάφι, που ο ίδιος είχε ταΐσει από μικρό, και άρχισε να γλείφει τα χέρια του με τρυφερότητα. Λίγο αργότερα συνάντησε έναν γνωστό του χωρικό, που του φανέρωσε ότι οι στρατιώτες είχαν αρπάξει τους μαθητές για να τους βασανίσουν. Ο Άγιος δόξασε τον Θεό, γιατί κατάλαβε πως οι μαθητές του καλούνταν στο ουράνιο τραπέζι.

Έστειλε το ελάφι πίσω στην έρημο και βάδισε ολόκαρδα προς τη Σεβάστεια για να σταθεί κοντά τους. Στάθηκε μπροστά στον δικαστή και φώναξε ότι ο τύραννος είχε λεηλατήσει την Εκκλησία του και θα κριθεί από τον Θεό. Οι στρατιώτες τον έσυραν αμέσως μπροστά στον ηγεμόνα, που διέταξε να τον κλείσουν στην ίδια φυλακή με τους μαθητές του.

Ο Άγιος αγκάλιασε τους πνευματικούς του γιους με μεγάλη χαρά και τους ενίσχυσε για τον επερχόμενο αγώνα. Τους είπε να μη φοβηθούν τις απειλές και να ετοιμάσουν τη ψυχή τους για τη βασιλεία. Την επόμενη ημέρα ο τύραννος κάθισε στο βήμα και έβαλε να φέρουν μπροστά του τον Επίσκοπο με τους δέκα μαθητές.

Τους πρόσταξε να θυσιάσουν στα είδωλα, αλλιώς θα έχαναν τη ζωή τους με σκληρά μαρτύρια. Ο Άγιος Αθηνογένης απάντησε με παρρησία ότι όσοι σκοτώθηκαν χθες δεν χάθηκαν, αλλά αγάλλονται στους ουρανούς μαζί με τους αγγέλους. Όταν ο ηγεμόνας τον προέτρεψε ξανά να υπακούσει, ο Άγιος τον ονόμασε άνομο τύραννο και δήλωσε έτοιμος να υπομείνει τα πάντα για τον Θεό.

Τότε ο Φιλόμαρχος διέταξε να κρεμάσουν τους δέκα μαθητές γυμνούς πάνω σε δρυ και να ξεσχίσουν τις σάρκες τους με σιδερένιους ονυχιστήρες. Εκείνοι ομολογούσαν μέσα στους πόνους ότι δεν θα αρνιόνταν ποτέ τον Δεσπότη Χριστό. Βλέποντας την ακλόνητη ανδρεία τους, ο τύραννος έδωσε εντολή να αποκεφαλιστούν με το ξίφος.

Οι άγιοι μαθητές παρέδωσαν τις ψυχές τους με δοξολογία και πέρασαν με δόξα στις ουράνιες σκηνές. Έπειτα ο ηγεμόνας στράφηκε προς τον Επίσκοπο και τον ρώτησε με ειρωνεία πού βρισκόταν ο Χριστός του. Διέταξε να τον κρεμάσουν και αυτόν γυμνό στο δέντρο και να τον χτυπούν χωρίς οίκτο.

Ο Άγιος, μέσα στα κτυπήματα, δοξολογούσε τον Θεό που τον αξίωσε να πάσχει για το όνομά του. Όταν τον κατέβασαν από το δέντρο, οι δήμιοι του συνέτριβαν τα πλευρά με σιδερένια όργανα, αλλά εκείνος επικαλέστηκε τη βοήθεια του Κυρίου. Τότε ακούστηκε άνωθεν θεϊκή φωνή που έλεγε στον εκλεκτό της να έχει θάρρος, γιατί ο Θεός βρισκόταν κοντά του.

Τη φωνή άκουσαν και οι ίδιοι οι δήμιοι, και τα χέρια τους πάγωσαν χωρίς να μπορούν να συνεχίσουν. Ένας φίλος του ηγεμόνα, ο Φίλιππος, του ψιθύρισε ότι οι χριστιανοί είναι μάγοι και ζήτησε να τελειώσει γρήγορα με τον Άγιο. Ο τύραννος έδωσε διαταγή να θανατωθεί ο μάρτυρας με το ξίφος, αλλά ο Επίσκοπος ζήτησε να αποκεφαλιστεί μέσα στο αγαπημένο του μοναστήρι.

Ο ηγεμόνας δέχτηκε την παράκληση και τον παρέδωσε στους στρατιώτες για το τελευταίο ταξίδι. Στον δρόμο ο Άγιος έψαλλε στίχους από τους ψαλμούς του Δαβίδ και χαιρόταν για την επικείμενη συνάντηση με τον Κύριο. Κοντά στη μονή τον προϋπάντησε ξανά το ήμερο ελάφι και έπεσε στα πόδια του με δάκρυα.

Ο Άγιος του υποσχέθηκε ότι ο Θεός θα φύλαγε αυτό και τους απογόνους του από τα χέρια των κυνηγών. Του ζήτησε όμως κάθε χρόνο, στην ημέρα της μνήμης του, να επιστρέφει εκεί για να τιμάται ο Κύριος μέσα από τη δική του αφιέρωση. Σφράγισε το ελάφι με το σημείο του σταυρού και το έστειλε πίσω στην έρημο με ειρήνη.

Μπαίνοντας στη μονή του, ο Άγιος γονάτισε και προσευχήθηκε στον Θεό να δεχτεί την ψυχή του και να την ενώσει με τους μαθητές του. Ζήτησε ακόμη πλούσια ευλογία για όσους τιμούν τη μνήμη του και επικαλούνται το όνομά του με αγάπη και πίστη. Καθώς προσευχόταν, ακούστηκε από τον ουρανό η ίδια θεϊκή φωνή να του υπόσχεται τον Παράδεισο μαζί με τους μαθητές του.

Ο μάρτυρας γέμισε αγαλλίαση και έσκυψε με χαρά το κεφάλι του κάτω από το ξίφος. Έτσι παρέδωσε την ψυχή του στον Κύριο και έγινε κοινωνός της δόξας των αγίων. Οι πιστοί έθαψαν με τιμή το λείψανό του στον ίδιο τόπο και συγκεντρώνονταν κάθε χρόνο για να γιορτάσουν τη μνήμη του.