Δύο αδέλφια από τα Πιτσίδια της Κρήτης ανέστησαν από τα ερείπια το εγκαταλειμμένο μοναστήρι του Κουδουμά, καθοδηγημένα από την ίδια την Παναγία. Μέσα στα χαλάσματα του ερημωμένου ναού, ο Παρθένιος είδε την Υπεραγία Θεοτόκο, η οποία τον πρόσταξε να μείνει εκεί και να ιδρύσει νέο μοναστήρι. Τα δύο παιδιά του Χαρίτωνα και της Μαρίας Χαριτάκη γεννήθηκαν σε διαφορά αρκετών χρόνων μέσα στην ίδια ευλογημένη οικογένεια.

Ο μεγαλύτερος, ο Νικόλαος, ήρθε στον κόσμο το χίλια οκτακόσια είκοσι εννέα, ενώ ο μικρότερος Εμμανουήλ γεννήθηκε το χίλια οκτακόσια σαράντα έξι. Από πολύ μικρός ο Νικόλαος αγαπούσε την ησυχία, απέφευγε τα παιχνίδια και τηρούσε με ακρίβεια όλες τις νηστείες της Εκκλησίας. Δεν ασχολήθηκε ποτέ με τα γράμματα, σε αντίθεση με τον μικρό αδελφό του, που μαθήτευσε κοντά σε κάποιον δάσκαλο του χωριού.

Όταν πέθανε ο πατέρας τους, το χίλια οκτακόσια πενήντα έξι, τα δύο αδέλφια άρχισαν να ετοιμάζονται για να ακολουθήσουν τον μοναχικό βίο. Μέχρι την αναχώρησή τους από το σπίτι, μεσολάβησαν αρκετά θαυμαστά γεγονότα που φανέρωσαν την κλίση και την εκλογή του Θεού στη ζωή τους. Όταν ο μικρός Νικόλαος έπεσε σε ένα βαθύ πηγάδι, οι κάτοικοι του χωριού έτρεξαν τρομαγμένοι πιστεύοντας πως θα τον έβγαζαν νεκρό.

Το παιδί όμως δεν έπαθε απολύτως τίποτα και όλοι μαζί δόξασαν τον Θεό για το θαύμα. Λίγο αργότερα ο ανάδοχός του θέλησε να τον πάρει μαζί του στη θάλασσα και να τον κάνει ναυτικό. Ο Νικόλαος όμως δέχτηκε πληροφορία από τον Θεό ότι το πλοίο θα βυθιζόταν και βρήκε δικαιολογία για να μην ταξιδέψει.

Το τρίτο και καθοριστικό σημείο ήρθε όταν η μητέρα του ζήτησε να ανάψει τον φούρνο για να ψήσει τα ψωμιά της οικογένειας. Ο Νικόλαος της απάντησε πως ο Θεός θέλει να γίνουν και οι δύο μοναχοί και την παρακάλεσε να βάλει τα ψωμιά χωρίς φωτιά. Πράγματι τα ψωμιά ψήθηκαν θαυμαστά μέσα στον κρύο φούρνο και η μητέρα δόξασε τον Κύριο για τη χάρη Του.

Συγκινημένη από το γεγονός έδωσε την ευχή της και άφησε τα παιδιά της να φύγουν ελεύθερα. Έτσι το χίλια οκτακόσια πενήντα οκτώ ξεκίνησαν για την Ιερά Μονή Οδηγήτριας με ζήλο και πόθο πνευματικό. Στην Οδηγήτρια ο Νικόλαος δοκιμάστηκε για τέσσερα ολόκληρα χρόνια, ώσπου εκάρη μοναχός με το όνομα Νέστωρ, στις είκοσι επτά Αυγούστου του χίλια οκτακόσια εξήντα δύο.

Ύστερα από επτά χρόνια δοκιμασίας ακολούθησε και ο Εμμανουήλ, ο οποίος έλαβε το όνομα Μεθόδιος και ενώθηκε στον αγώνα του αδελφού του. Ο Νέστωρ ασκούσε τέλεια υπακοή μέσα στο μοναστήρι και έγινε ζωντανό παράδειγμα ταπεινώσεως για τον μικρότερο Μεθόδιο. Ο ηγούμενος τον έστειλε αργότερα στον σπηλαιώδη ναό του Μαρτσάλου, όπου έχτισε κελιά, αποκατέστησε τον ναό και έφτιαξε μία δεξαμενή για το νερό.

Επειδή χρειαζόταν βοήθεια, ζήτησε ευλογία να πάει κοντά του και ο αδελφός του Μεθόδιος. Τα δύο αδέλφια εφάρμοζαν στο Μάρτσαλο πολύ αυστηρό πρόγραμμα ασκήσεως, νηστείας και αγρυπνίας με αδιάλειπτη προσευχή. Σύντομα όμως διαδόθηκε η αρετή τους και πλήθη πιστών συνέρρεαν για να πάρουν την ευχή τους και να ζητήσουν συμβουλές.

Στην επανάσταση του χίλια οκτακόσια εξήντα έξι οι Τούρκοι έφτασαν μέχρι το Μάρτσαλο και κατέστρεψαν ακόμη και τις άγιες εικόνες. Τα αδέλφια αποκατέστησαν τις ζημιές και ζήτησαν από τον ηγούμενο Γεράσιμο να τους κείρει μεγαλόσχημους μοναχούς. Με την κουρά τους ο Νέστωρ ονομάστηκε Παρθένιος και ο Μεθόδιος Ευμένιος, αυξάνοντας ακόμη περισσότερο τους πνευματικούς τους αγώνες.

Ο Όσιος Παρθένιος φορούσε αλυσίδες κατάσαρκα και τρίχινο ράσο ακόμη και μέσα στους πιο καυτούς θερινούς μήνες της Κρήτης. Το χίλια οκτακόσια εξήντα οκτώ ο Επίσκοπος Πέτρας Μελέτιος χειροτόνησε διάκονο τον Ευμένιο στην Ιερά Μονή Οδηγήτριας. Δύο χρόνια αργότερα, ο Επίσκοπος Αρκαδίας τον ανέδειξε πρεσβύτερο, ενώ δίπλα του στεκόταν πάντοτε ο αββάς και αδελφός του Παρθένιος.

Όταν όμως ανέλαβε ηγούμενος ο ιερομόναχος Αγαθάγγελος, άρχισε να βλέπει με δυσπιστία την κοσμοσυρροή που σχηματιζόταν γύρω από τα δύο αδέλφια. Μετά από πολλούς ονειδισμούς και πικρίες, οι Όσιοι αναγκάστηκαν να αποχωρήσουν από το μοναστήρι το χίλια οκτακόσια εβδομήντα τέσσερα. Ακολούθησε μία τετραετής περιπλάνηση στις απόκρημνες σπηλιές των Αστερουσίων ορέων, όπου τους τάιζαν βοσκοί και ψαράδες της περιοχής.

Στην περιοχή του αγίου Ιωάννου συνάντησαν τον γέροντα Γεράσιμο, αλλά αναχώρησαν και από εκεί λόγω της κοσμοσυρροής των μαθητών του. Έπειτα έζησαν για λίγο στο σπήλαιο του Αγίου Αντωνίου, ώσπου προχώρησαν ανατολικά και έφτασαν στην απόμερη περιοχή του Κουδουμά. Εκεί, σε ένα ερημικό και απόκρημνο σπήλαιο μακριά από τα βλέμματα των ανθρώπων, ζήτησαν με μεγαλύτερο ζήλο το έλεος του Θεού και της Παναγίας.

Στον τόπο αυτό υπήρχε από αιώνες το εγκαταλειμμένο μοναστήρι, όπου άλλοτε ασκήτευαν μεγάλοι ερημίτες όπως ο Άγιος Κοσμάς. Μέσα στα χαλάσματα του ερημωμένου ναού ο Όσιος Παρθένιος συνομίλησε με την Υπεραγία Θεοτόκο, η οποία τον πρόσταξε να μείνει εκεί. Του υποσχέθηκε μάλιστα η ίδια ότι θα γινόταν η οικονόμος του νέου μοναστηριού που θα ιδρυόταν στον άγριο εκείνον τόπο.

Άρχισαν λοιπόν τον αγώνα της ανοικοδομήσεως, με μόνο υπόλειμμα ένα μικρό κομμάτι παλαιού τείχους μέσα στην εκκλησία. Έχτισαν πρώτα ένα μικρό τμήμα του ναού της Παναγίας και έμεναν οι ίδιοι σε ένα σπήλαιο δίπλα στην εκκλησία. Χρήματα δεν είχαν καθόλου, ωστόσο ο κόσμος της περιοχής τους στήριξε με κάθε δυνατό τρόπο.

Είχαν γίνει πια γνωστοί για την αγιότητα και τα θαύματά τους σε όλη την Κρήτη. Με θαυμαστό τρόπο βρήκαν νερό και άνοιξαν πηγάδι για τις ανάγκες των πατέρων και των εργατών της μονής. Με την προσέλευση νέων μοναχών χρειάστηκε να μεγαλώσουν τον ναό της Παναγίας, αλλά το έργο φαινόταν σχεδόν αδύνατο να ολοκληρωθεί.

Τα πετρώματα της περιοχής ήταν ακατάλληλα και το πελέκημά τους με τα πρωτόγονα εργαλεία της εποχής δυσκόλευε υπερβολικά τους μαστόρους. Για τον λόγο αυτό οι κτίστες αποφάσισαν τελικά να αποχωρήσουν από τη μονή χωρίς να τελειώσουν το ευλογημένο έργο. Οι Όσιοι Πατέρες όμως τους παρακάλεσαν θερμά να παραμείνουν τουλάχιστον για μία ακόμη νύχτα κοντά τους.

Εκείνη τη νύχτα αφιερώθηκαν στην προσευχή και ικέτευαν την Παναγία να δείξει το έλεός της στο έργο τους. Το πρωί βρήκαν στην ακρογιαλιά λαξευμένες πέτρες, βγαλμένες θαυμαστά από τη θάλασσα και έτοιμες για το χτίσιμο του ναού. Έτσι ο ναός ολοκληρώθηκε το χίλια οκτακόσια ενενήντα πέντε και ονομάστηκε Θεόκτιστος εξαιτίας του μεγάλου εκείνου θαύματος.

Οι Όσιοι κοιμόντουσαν μόνο δύο ώρες πάνω σε μία ψάθα από χορτάρι, με ένα πέτρινο προσκέφαλο για στήριγμα. Δεν έτρωγαν ποτέ κρέας και φορούσαν ένα μόνο τρίχινο ράσο, το οποίο έπλεναν μία φορά τον χρόνο μόνοι τους στη θάλασσα. Ο Όσιος Παρθένιος ήταν πολύ αυστηρός με τον κανονισμό της μοναχικής ζωής και γι’ αυτό κράτησε το μοναστήρι του άβατο.

Ακόμη και οι δόκιμοι έμεναν εκτός μονής, στα γύρω σπήλαια, ώστε να μαθαίνουν την υπομονή και την πραγματική άσκηση. Παιδαγωγούσε αυστηρά τους υποτακτικούς του, πάντοτε όμως με γνώμονα την αγάπη και την πνευματική τελείωση κάθε ψυχής. Το χάρισμα και οι διδαχές του ασκούσαν μεγάλη επιρροή και έτσι ο Κουδουμάς αναδείχθηκε σύντομα σε σπουδαίο πνευματικό κέντρο.

Πνευματικός της μονής ήταν ο Όσιος Ευμένιος, ο οποίος χειροθετήθηκε από τον Μητροπολίτη Κρήτης Μελέτιο για το σπουδαίο αυτό έργο. Με σοφές συμβουλές γεμάτες χάρη Αγίου Πνεύματος ανέπαυσε χιλιάδες ψυχές και τις οδήγησε στη σωτηρία και τη λύτρωση του Χριστού. Προετοίμαζε επίσης πολλούς νέους που τον πλησίαζαν για το μέγα λειτούργημα της ιερωσύνης με αυστηρά κριτήρια.

Απαιτούσε από τους μέλλοντες κληρικούς δύο πράγματα μόνο, φόβο Θεού και καθαρότητα ζωής. Πριν δώσει συμμαρτυρία για κάποιον, νήστευε και αγρυπνούσε προσευχόμενος για τρία ολόκληρα μερόνυχτα με δάκρυα. Έπειτα έβαζε τον μέλλοντα κληρικό μπροστά από την εικόνα του Χριστού και τον καλούσε να εξομολογηθεί όλα του τα αμαρτήματα.

Οι μοναχοί και οι δόκιμοι έβλεπαν συχνά τους δύο αδελφούς να λάμπουν από φως ολοφώτεινο. Άλλοτε τους θεωρούσαν να μην πατούν καν στη γη, καθώς ένα φωτοστέφανο περιέλουζε όλη την πλαγιά γύρω από τα σπήλαια της μονής. Το χίλια εννιακόσια πέντε ο Όσιος Παρθένιος ασθένησε βαριά, καθώς ο οργανισμός του ήταν φθαρμένος από την υπερβολική άσκηση.

Ο ιατρός Αλέξανδρος Παπαχατζάκης του χορήγησε φάρμακα και του συνέστησε δυναμωτικές τροφές και κυρίως κρέας για να συνέλθει. Ο γέροντας όμως αρνήθηκε κάθε ανάπαυση και προτίμησε να μείνει στην ψάθα του όπως σε όλη του τη ζωή. Κάλεσε γύρω του τους μοναχούς και τους δόκιμους και με δάκρυα τους νουθέτησε να μείνουν πιστοί στην παράδοση.

Όρισε ως διάδοχό του τον αδελφό του Ευμένιο και του παρέδωσε το σακουλάκι με το φυλαχτό του. Έλαβε τη Θεία Κοινωνία ως εφόδιο της αιωνίου ζωής και τότε το πρόσωπό του έλαμψε από ουράνια χάρη. Ακούστηκαν ουράνιες μελωδίες και μία υπέροχη ευωδία απλώθηκε σε όλη την πλαγιά γύρω από το ταπεινό κελί του γέροντα.

Η ίδια η Υπεραγία Θεοτόκος εμφανίστηκε για να παραλάβει την αγιασμένη ψυχή του πιστού της τέκνου από τον κόσμο τούτο. Ο Όσιος παρέδωσε το πνεύμα ψελλίζοντας τα τελευταία λόγια στα χείλη του, «Καλώς όρισες, Παναγία μου». Δύο χρόνια αργότερα, παρουσία του Επισκόπου Αρκαδίας Βασιλείου, έγινε η ανακομιδή των λειψάνων του μέσα στον ναό της Παναγίας.

Ο Όσιος Ευμένιος υπήρξε σε όλη του τη ζωή ο απόλυτα υπάκουος και ταπεινός υποτακτικός του μεγαλύτερου αδελφού του. Μετά την κοίμηση του Παρθενίου, πολεμήθηκε πολύ και ταλαιπωρήθηκε από αδελφούς της μονής αλλά και από έξω. Παρά τις πικρίες, θέσπισε γραπτό κανονισμό για τη διοίκηση και τη ζωή της αδελφότητας στη μονή του Κουδουμά.

Μέσω της αλληλογραφίας του με τον Επίσκοπο Αρκαδίας Βασίλειο διασώθηκε όλη η ιστορία της ιδρύσεως και της θαυμαστής πορείας της μονής. Κουρασμένος από την άσκηση, την εξομολόγηση και τη διοίκηση, εκοιμήθη στις δώδεκα Σεπτεμβρίου του χίλια εννιακόσια είκοσι. Πήγε να συναντήσει στους ουρανούς τον αγαπημένο του αδελφό και γέροντα Παρθένιο, για να λάβει τον μισθό των κόπων του.

Από τον Χριστό και την Παναγία, την οποία υπηρέτησε με πίστη και δόξασε σε όλη τη διάρκεια της επίγειας ζωής του. Οι δύο γέροντες επιβλήθηκαν αυθόρμητα στη συνείδηση των πιστών της Κρήτης ως αληθινοί άγιοι της Ορθόδοξης Εκκλησίας. Τα εγκαίνια του πρώτου ναού προς τιμή τους έγιναν στην Ιερά Μονή Κουδουμά από τον Μητροπολίτη Γορτύνης και Αρκαδίας κυρό Κύριλλο.

Έλαβαν χώρα στις δέκα Ιουλίου του χίλια εννιακόσια ογδόντα τρία και έκτοτε καθιερώθηκε αυτή η ημέρα ως κοινή τους μνήμη. Το χίλια εννιακόσια ενενήντα εφτά η Εκκλησία είχε ήδη διαπιστώσει την αγιότητά τους από πλήθος θαυμαστών σημείων στη μονή. Το έτος δύο χιλιάδες επτά πραγματοποιήθηκε η επίσημη κατάταξή τους στο αγιολόγιο της Ορθοδόξου Εκκλησίας από το Οικουμενικό Πατριαρχείο.