Ένας πλούσιος άρχοντας με ελεφαντίαση θεραπεύτηκε όταν ένας χοιροβοσκός τον οδήγησε σε τρία άφθαρτα σώματα μέσα σε πυκνό δάσος της Σάμης. Τα ιερά λείψανα των τριών Αγίων ευωδίαζαν και έλαμπαν, ενώ τους είχαν εμφανιστεί σε όραμα ως άγγελοι του Θεού. Στους πρώτους χριστιανικούς αιώνες η ευλογημένη Κεφαλονιά ανέδειξε φωτεινούς ομολογητές της πίστεως, ανάμεσα στους οποίους ξεχωρίζουν ο Γρηγόριος, ο Θεόδωρος και ο Λέων.

Έζησαν και κοιμήθηκαν οσιακά στο ανατολικό τμήμα του νησιού, κοντά στην περιοχή της Σάμης, αφιερωμένοι στον Θεό. Η προσωνυμία τους ως Άγιοι Φανέντες δόθηκε από τη θαυματουργική φανέρωση των λειψάνων τους και την ανάδειξή τους από την αφάνεια στα μάτια των πιστών. Δύο λατινικά συναξάρια του δέκατου τέταρτου αιώνα διασώζουν τη μνήμη τους, γραμμένα από τον Βενετό Πιέτρο Καλό και τον επίσκοπο της Ακυληίας Πιέτρο Νατάλι.

Σύμφωνα με αυτές τις πηγές, οι τρεις άνδρες κατάγονταν από το ανατολικό τμήμα της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας και υπηρετούσαν στον αυτοκρατορικό στρατό. Διακρίνονταν για τις πολλές αρετές τους και τη βαθιά τους πίστη, αν και ζούσαν σε χρόνια ταραγμένα από αιρέσεις και διωγμούς. Την εποχή εκείνη η φοβερή αίρεση του Αρειανισμού γνώριζε μεγάλη εξάπλωση, καθώς τη στήριζε ο αιρετικός αυτοκράτορας Κωνστάντιος ο Δεύτερος.

Το διάταγμά του υποχρέωνε όλους τους υπηκόους του κράτους να ασπαστούν αυτή την ανόσια διδασκαλία, κάτι ασυμβίβαστο με τη συνείδησή τους. Οι τρεις ευσεβείς στρατιωτικοί φοβήθηκαν μήπως αναγκαστούν να προδώσουν την Ορθόδοξη πίστη και αποφάσισαν να εγκαταλείψουν τη Σικελία. Μαζί με άλλους έλληνες συστρατιώτες τους πέρασαν τη θάλασσα και κατέφυγαν στο νησί του Ιονίου, στην ευλογημένη Κεφαλληνία.

Μόλις αποβιβάστηκαν, πληροφορήθηκαν ότι το διάταγμα του Κωνσταντίου είχε τεθεί σε ισχύ και στον τόπο της προηγούμενης υπηρεσίας τους. Προτίμησαν λοιπόν να αποχωριστούν από τους υπόλοιπους συντρόφους και να παραμείνουν για πάντα στο νησί. Ο Γρηγόριος ήταν ηλικιωμένος με κάτασπρα μαλλιά και γεμάτος σοφία από τα χρόνια του ασκητικού του αγώνα.

Ο Θεόδωρος βρισκόταν περίπου στα τριάντα του χρόνια, ενώ ο Λέων έλαμπε ακόμη μέσα στη νιότη του. Αποφάσισαν τότε να αφιερωθούν ολοκληρωτικά στον Θεό και αναζήτησαν κατάλληλο τόπο για άσκηση και αδιάλειπτη προσευχή στις πλαγιές του νησιού. Στο ανατολικό τμήμα της Κεφαλληνίας, απέναντι από την Ιθάκη, βρήκαν μια ήσυχη κοιλάδα με το όνομα Σάμη, ιδανική για τη νέα τους ζωή.

Εκεί μέσα σε ένα μικρό αλλά πυκνό δάσος από χαμηλά δένδρα και θάμνους ανακάλυψαν τα ερείπια ενός μισοκαταστραμμένου ναού. Ο τόπος αυτός έγινε το πνευματικό τους καταφύγιο, όπου εγκαταστάθηκαν και έζησαν με αυστηρή άσκηση και αδιάλειπτη προσευχή. Αγωνίστηκαν ως γνήσιοι στρατιώτες του Χριστού, υπηρετώντας τον με την καρδιά και τη ζωή τους ολοκληρωτικά.

Στον ευλογημένο αυτό τόπο, κοντά στη σημερινή κωμόπολη της Σάμης, πέρασαν τα υπόλοιπα χρόνια της επίγειας ζωής τους. Κάποια ημέρα γονάτισαν όλοι μαζί και προσευχήθηκαν θερμά στον Πανάγαθο Θεό, που τόσο πολύ είχαν αγαπήσει. Λίγο αργότερα παρέδωσαν τις πάναγνες ψυχές τους στον Κύριο, τον Οποίο υπηρέτησαν με πιστότητα σε όλη τους τη ζωή.

Τα σώματά τους έμειναν για πάρα πολλά χρόνια άγνωστα στους ανθρώπους, κρυμμένα μέσα στο πυκνό δάσος του τόπου. Η Πρόνοια όμως του Θεού θέλησε κάποτε να τα αποκαλύψει με θαυματουργικό τρόπο και να τα φανερώσει στους πιστούς της Κεφαλληνίας. Στο νησί ζούσε τότε ένας επιφανής και πλούσιος κάτοικος με το όνομα Μιχαήλ, που έπασχε από μια φοβερή μορφή λέπρας.

Η αρρώστια ονομαζόταν ελεφαντίαση και τον βασάνιζε σκληρά, χωρίς να μπορεί να βρει ανακούφιση από καμιά ανθρώπινη φροντίδα. Ο Μιχαήλ απευθύνθηκε σε πολλούς γιατρούς και ξόδεψε μεγάλο μέρος της περιουσίας του, αναζητώντας απελπισμένα μια θεραπεία. Δυστυχώς όμως πουθενά δεν βρήκε την ποθούμενη ίαση, μέχρι που κάποια νύχτα του παρουσιάστηκε ένα παράξενο όραμα.

Τρεις άνδρες με μορφές αγγέλων του φανερώθηκαν στον ύπνο του και του υποσχέθηκαν τη θεραπεία, εάν ανακάλυπτε τα άταφα σώματά τους. Όταν ξύπνησε, δεν γνώριζε ούτε τα ονόματά τους ούτε τον τόπο, όπου βρίσκονταν τα ιερά τους λείψανα. Συνάντησε όμως έναν χοιροβοσκό, που του διηγήθηκε μια παράξενη εμπειρία από το βουνό.

Ακολουθώντας έναν χοίρο, ο οποίος είχε απομακρυνθεί από το κοπάδι, μπήκε σε ένα πυκνό δάσος και αντίκρισε εκεί τρία άφθαρτα σώματα. Από τα ιερά αυτά λείψανα ανέβλυζε υπέροχη ευωδία, σαν επιβεβαίωση ότι επρόκειτο για τους τρεις Αγίους του νυχτερινού οράματος. Αμέσως ο Μιχαήλ ανέβηκε στο άλογό του και κατευθύνθηκε με οδηγό τον χοιροβοσκό προς το δάσος της Σάμης.

Όταν έφτασε, αντίκρισε τα τρία ιερά σκηνώματα μέσα σε άπλετο φως, που έλαμπε ολόγυρα στον ευλογημένο τόπο. Προσκύνησε με ευλάβεια τα φεγγοβολούντα λείψανα και παρακάλεσε με δάκρυα τους τρεις Αγίους να τον ελεήσουν. Αμέσως η λέπρα εξαφανίστηκε από το σώμα του και επέστρεψε στο σπίτι του εντελώς υγιής και ευγνώμων.

Σύμφωνα με την επιτόπια προφορική παράδοση, τα ιερά λείψανα βρέθηκαν μέσα σε σπήλαιο στο όρος Αυλοχώρι από τους ντόπιους κατοίκους. Προς τιμήν των τριών Αγίων κτίστηκε αργότερα η μονή των Αγίων Φανέντων στον τόπο της θαυματουργικής ανεύρεσης. Τα λατινικά συναξάρια αναφέρουν ότι την ιστορική μονή ανήγειρε ο ίδιος ο Μιχαήλ με δική του δαπάνη.

Το μοναστήρι κτίστηκε στην κορυφή της νότιας ακροπόλεως της αρχαίας Σάμης, σε υψόμετρο διακοσίων είκοσι έξι μέτρων. Η ίδρυσή του χρονολογείται πριν από τα μέσα του δέκατου τρίτου αιώνα, ενώ τα σωζόμενα ερείπια ανήκουν στη μεταβυζαντινή εποχή της Κεφαλονιάς. Μετά την κατάληψη της Κεφαλονιάς από τους Νορμανδούς, στα τέλη του δωδέκατου αιώνα, άρχισε η βαθμιαία παρακμή της ιστορικής μονής.

Στην παρακμή συνέβαλε και η αρπαγή των ιερών λειψάνων των τριών Αγίων από τους Ενετούς, που τα μετέφεραν στη Βενετία. Εκεί φυλάσσονται μέχρι σήμερα μέσα σε μαρμάρινη λάρνακα στον μεγαλοπρεπή ναό του Προφήτου Ζαχαρία της ιταλικής μεγαλούπολης. Στα τέλη του δέκατου πέμπτου αιώνα έγινε η επανασύσταση της μονής, η οποία γνώρισε νέα πνευματική ακτινοβολία και άνθηση.

Μέχρι και τα χρόνια του δέκατου όγδοου αιώνα προσέλκυε πολλούς μοναχούς, προσκυνητές, αλλά και ξένους περιηγητές από διάφορα μέρη. Η θρησκευτική πολιτική των Άγγλων στα Επτάνησα οδήγησε στις αρχές του δέκατου ένατου αιώνα στην ερήμωση του ιστορικού μοναστηριού. Η οριστική καταστροφή ολοκληρώθηκε με τους μεγάλους σεισμούς του χίλια εννιακόσια πενήντα τρία, που κατερείπωσαν το παλαίφατο σκήνωμα.