Σκότωσε με μια πέτρα τον βάρβαρο που τον κρατούσε αιχμάλωτο και έζησε μετά μια ολόκληρη ζωή προσπαθώντας να ξεπλύνει αυτό το αίμα από τη συνείδησή του. Ταξίδεψε σε Ρώμη, Κωνσταντινούπολη, Αντιόχεια και Ιεροσόλυμα, για να εξομολογηθεί τον φόνο, και κανένας πατριάρχης δεν του έδωσε επιτίμιο. Ο Αββάς Δανιήλ έζησε τον έκτο αιώνα μετά Χριστόν και έγινε μοναχός στη Σκήτη της Αιγύπτου από πολύ μικρή ηλικία.

Όταν βάρβαροι επιτέθηκαν στη Σκήτη, τον έπιασαν αιχμάλωτο και τον κράτησαν σκλάβο για δύο ολόκληρα χρόνια κάτω από σκληρές συνθήκες. Ένας ευλαβής χριστιανός τον εξαγόρασε και του χάρισε την ελευθερία, όμως μετά από λίγο καιρό οι βάρβαροι τον συνέλαβαν ξανά. Έμεινε στα χέρια τους περίπου έξι μήνες, μέσα σε φόβο και αγωνία, χωρίς ελπίδα διαφυγής.

Σε μια απελπισμένη απόπειρα να σωθεί, χτύπησε με μια πέτρα έναν από τους φύλακές του και τον σκότωσε επί τόπου. Έπειτα έφυγε κρυφά και επέστρεψε στην αγαπημένη του Σκήτη, αλλά η αμαρτία του φόνου βάραινε αβάσταχτα μέσα στην ψυχή του. Ζητούσε καθαρή κρίση και αυστηρή τιμωρία, ώστε να βρει επιτέλους κάποια ησυχία στην ταραγμένη του συνείδηση.

Πρώτος του σταθμός ήταν ο Πατριάρχης Αλεξανδρείας Τιμόθεος, στον οποίο εξομολογήθηκε με δάκρυα ολόκληρη την υπόθεση του φόνου. Ο πατριάρχης άκουσε προσεκτικά την εξομολόγηση, αλλά δεν θέλησε να του δώσει κανένα επιτίμιο για όσα είχαν συμβεί. Η συνείδησή του όμως δεν ησύχαζε καθόλου, και έτσι πήρε τον δρόμο για τη μακρινή Ρώμη, για να συναντήσει τον πάπα.

Ο πάπας του απάντησε ακριβώς το ίδιο με τον πατριάρχη Αλεξανδρείας και αρνήθηκε να του ορίσει κάποια αυστηρή ποινή μετάνοιας. Απογοητευμένος αλλά όχι λυγισμένος, ο Δανιήλ ξεκίνησε νέα ταξίδια προς την Κωνσταντινούπολη, την Αντιόχεια και τα Ιεροσόλυμα. Σε κάθε πατριαρχείο εξομολογούνταν ξανά και ξανά τον φόνο και παρακαλούσε για κάποια λύση στον πόνο του.

Πουθενά όμως δεν βρήκε την ειρήνη που τόσο διψούσε η ταλαιπωρημένη του ψυχή. Επέστρεψε λοιπόν στην Αλεξάνδρεια και παρέδωσε μόνος του τον εαυτό του στις πολιτικές αρχές ως φονιάς. Τον έριξαν αμέσως στη φυλακή και τον οδήγησαν σε δίκη μπροστά στον τοπικό άρχοντα της πόλεως.

Εκεί ο Δανιήλ διηγήθηκε με ειλικρίνεια την ιστορία του και ζητούσε να εκτελεστεί, ώστε να σωθεί η ψυχή του από την αιώνια φωτιά. Ο άρχοντας έμεινε άναυδος μπροστά στην ειλικρίνεια και τη μετάνοια του ασκητή, και αρνήθηκε κατηγορηματικά να τον τιμωρήσει με θάνατο. Του είπε μάλιστα να φύγει ελεύθερος και να προσεύχεται για αυτόν, λέγοντας πως θα ευχόταν να είχε σκοτώσει επτά ακόμη βαρβάρους.

Ο Δανιήλ όμως δεν ησύχασε ούτε με αυτή την απάντηση και αποφάσισε να βρει μόνος του τρόπο εξιλέωσης. Πήρε λοιπόν έναν λεπρό στο κελί του και τον φρόντιζε με αγάπη μέχρι το τέλος της ζωής του. Όταν εκείνος πέθαινε, αναζητούσε αμέσως άλλον άρρωστο, για να συνεχίσει αυτή τη σιωπηλή διακονία της αγάπης.

Έτσι σιγά σιγά κατάφερε να φέρει ειρήνη στη βασανισμένη συνείδησή του και να γαληνέψει εσωτερικά. Μια μέρα περπατούσε με τον Αββά Αμμωνά, και ο συνοδοιπόρος του παραπονέθηκε πως θα ήθελε επιτέλους να καθίσουν ήσυχα στο κελί τους. Ο Δανιήλ απάντησε με σοφία πως κανείς δεν μπορεί να τους χωρίσει από τον Θεό.

Είπε ακόμη πως ο Θεός βρίσκεται μέσα στο κελί, αλλά είναι παρών και έξω από αυτό. Με τέτοιο φρόνημα συνέχιζε να ζει την ασκητική του πορεία και να καθοδηγεί όσους τον πλησίαζαν με εμπιστοσύνη. Η αρετή και η ταπείνωσή του τον έκαναν τόσο γνωστό, ώστε τον ανέδειξαν ηγούμενο της μεγάλης Σκήτεως της Αιγύπτου.

Σε ολόκληρη την αιγυπτιακή γη τον τιμούσαν ως νέο Αβραάμ και ως τον φιλόξενο οικοδεσπότη του ίδιου του Χριστού. Επισκέφθηκε την Αγία Αναστασία την Πατρικία την ημέρα της κοιμήσεώς της, σε μια ξεχωριστή και συγκινητική συνάντηση. Εκείνη είχε μεταμφιεστεί σε ευνούχο και ζούσε κρυφά σε ανδρικό μοναστήρι σε απόσταση δεκαοκτώ μιλίων από τη Σκήτη.

Ο άγιος ανακάλυψε πως επρόκειτο για γυναίκα μόνο τη στιγμή που ετοίμαζε το σώμα της για την ταφή. Συνάντησε επίσης και άλλους αγίους, οι οποίοι ζούσαν κρυμμένοι από τα μάτια των ανθρώπων, όπως τον Μάρκο τον διά Χριστόν σαλό της Αλεξανδρείας. Γνώρισε ακόμη μια μοναχή στη μονή Ερμουπόλεως του Αββά Ιερεμία, η οποία προσποιούνταν τη μέθυσο για χάρη του Θεού.

Οι άλλες αδελφές την περιφρονούσαν και την έβριζαν, χωρίς να γνωρίζουν την κρυμμένη της αγιότητα. Ο Δανιήλ και ο μαθητής του ζήτησαν φιλοξενία στη μονή για να ξεκουραστούν. Τη νύχτα είδαν εκείνη τη μοναχή να σηκώνει τα χέρια της και να κλαίει με δάκρυα ενώπιον του Θεού.

Έκανε μάλιστα μετάνοιες ολονύχτιες, με πόνο, με ταπείνωση και με ολόθερμη προσευχή για τη σωτηρία της ψυχής της. Την επόμενη νύχτα ο άγιος κάλεσε την ηγουμένη να αγρυπνήσει μαζί τους, για να δει η ίδια πώς περνούσε τις νύχτες της η περιφρονημένη αδελφή. Όταν φανερώθηκε η κρυμμένη αγία ζωή της, εκείνη έφυγε αμέσως από το μοναστήρι, για να μην τη δοξάσουν οι άλλες μοναχές.

Έτσι παρέμεινε για πάντα άγνωστη στους ανθρώπους, γνωστή όμως στον Θεό και στους αγγέλους. Ο Αββάς Δανιήλ μνημονεύεται σε πολλούς άλλους ιερούς βίους αγίων της Εκκλησίας. Αναφέρεται στον βίο της Αγίας Θωμαΐδος, την οποία σκότωσε ο πεθερός της, επειδή θέλησε να διαφυλάξει την αγνότητά της.

Αναφέρεται επίσης στον βίο του Αγίου Ευλογίου του φιλόξενου, ο οποίος τιμάται από την Εκκλησία ως υπόδειγμα φιλοξενίας. Ακόμη μνημονεύεται στον βίο των Αγίων Ανδρονίκου και Αθανασίας, καθώς και στον βίο του ευλογημένου Αββά Δουλά. Όλες αυτές οι μαρτυρίες δείχνουν πόσο βαθιά ριζωμένη ήταν η μορφή του στην παράδοση της ερήμου.