Në Kostandinopojë, në vitin e pesëqind e pesëdhjetë e tre pas Krishtit, njëqind e gjashtëdhjetë e pesë Etër u mblodhën për të gjykuar tre peshkopë të vdekur dhe për të qetësuar Kishën e trazuar. Papa Vigjili ishte në qytet, por nuk pranoi të merrte pjesë, megjithëse u ftua tri herë nga delegacionet zyrtare të Etërve dhe vetë perandorit. Sinodi u mblodh nga perandori i shenjtë Justiniiani i Parë, për të gjykuar ortodoksinë e tre peshkopëve të fjetur, Theodhori Mopsuestias, Theodoritos Kyrros dhe Iva Edessis. Këta të tre kishin shprehur pikëpamjet nestoriane në shkrimet e tyre gjatë viteve të Koncilit të Tretë Ekumenik. Ata nuk ishin dënuar nga Këshilli i së Mërkurës, i cili kishte dënuar monofizitët, dhe kështu monofizitët akuzuan ortodoksët se ishin ndjekës të fshehtë të Nestorit. Për të mbyllur këtë rast dhe për t’i afruar heretikët në bashkim me besimtarët e Kalqedonit, perandori nxori një dekret. Me këtë dekret u dënuan të ashtuquajturit Tre Kapituj, pra personat dhe shkrimet e këtyre tre peshkopëve që tashmë kishin vdekur. Por për shkak se dekreti u dha me iniciativën e vetë perandorit, ai nuk u pranua nga përfaqësuesit e të gjithë Kishës, veçanërisht në Perëndim dhe në Afrikë. Kështu shpërtheu një polemikë e madhe rreth Tre Kapitujve, që kërkonte një zgjidhje sinodikale dhe paqe për ekuipazhin. Për këtë qëllim u mblodh Koncili i V Ekumenik, i kryesuar nga Shën Eutichios, Patriarku i Kostandinopojës, një pastor i respektuar i asaj kohe. Sipas dekretit perandorak, çështja e Tre Krerëve u shqyrtua me vëmendje të veçantë në tetë seanca të gjata, gjatë muajve të pranverës të atij viti. Etërit kërkuan tekstet, peshuan shprehjet dhe dalluan se çfarë i përkiste besimit të vërtetë dhe çfarë të gabonte. Sinodi shqiptoi anatemë kundër personit dhe mësimit të Theodhori Mopsuestias, pasi ai u konsiderua burimi i gabimit nestorian. Në rastin e Theodoritos dhe Ivës, dënimet u kufizuan vetëm në disa nga shkrimet e tyre, pa prekur vetë personat. Ata ishin liruar personalisht në Këshillin e Kalqedonit për shkak të pendimit të tyre dhe kështu i shpëtuan anatemës. Kjo masë u pa e nevojshme sepse disa nga veprat e ndaluara përmbanin shprehje që nestorianët përdornin për të interpretuar vendimet e Kalqedonit për përfitimin e tyre. Megjithatë, butësia e Etërve të Koncilit të Pestë Ekumenik, të cilët aplikuan një frymë ekonomie të matur ndaj personave të Theodoritos dhe Ivës, tërbuan monofizitët kundër vendimeve sinodalale. Në të njëjtën kohë, perandori urdhëroi që vendimet të publikoheshin së bashku me një dekret shkishërimi kundër Papës Vigilius, sepse ai dukej se ishte i të njëjtit mendje me heretikët. Më vonë Papa ra dakord me mendimin e Etërve dhe nënshkroi termin sinodal, duke njohur vlefshmërinë e vendimeve. Sidoqoftë, peshkopët e Istrias dhe të gjithë zonës metropolitane të Aquileia mbetën në përçarje për më shumë se një shekull. Në Sinod, Etërit shqyrtuan edhe gabimet e plakut Origjen, i cili ishte një mësues i famshëm i kishës së shekullit të tretë. Doktrina e tij për paraekzistencën e shpirtit njerëzor u dënua, ashtu si heretikët e tjerë që mohuan ringjalljen universale të të vdekurve. Zoti i bekoftë, që Fryma e Shenjtë të frymëzojë Etërit e Sinodit në një përkufizim të mëtejshëm të Ortodoksisë, që ruan integritetin dhe dinjitetin e Zotit dhe të njeriut. Kështu u shmang shtrembërimi që ndodh në herezitë e Nestorit dhe monofizitëve dhe e vërteta shkëlqeu qartë në plotësinë e Kishës. Sipas traditës së ruajtur nga Synaxarius, gjatë mbretërimit të mbretit Justiniian, Kostandinopoja ishte vënë në provë nga pikëpamjet heretike të Anthimusit të Trebizondit, i cili mbështeti monofizitizmin e Eutikut. Anthimi u hoq nga froni patriarkal dhe në vend të tij u shugurua Plaku Minas, me pjesëmarrjen e Papës së atëhershme të Romës Agapitos. Me rastin e këtyre ngjarjeve, Severus dhe Pjetri Apameias, heretikë që mbështesnin doktrinat blasfemuese të Origjenit, u rebeluan dhe në Kishë shpërtheu një rrëmujë e madhe. Njëqind e gjashtëdhjetë e pesë Etërit i shkishëruan këta heretikë së bashku me pasuesit e tyre dhe rivendosën paqen. Puna legjislative e Koncilit të Pestë dhe të Gjashtë Ekumenik u përfundua më vonë nga Koncili i Pesëmbëdhjetë në Konstandinopojë, duke vendosur përfundimisht rendin kanonik.