Nga fillimi i shek. XI deri në vitin 1767

    Në këtë periudhë dallojmë dy faza kronologjike, me vijë ndarëse kohore pushtimin osman.
    Për formimin e Kryepiskopatës së Akridhës (Ohrit), në vitin 1018 – pas rënies së shtetit bullgar të Samuelit – perandori bizantin Vasili II nxori tre sigjile (vendim perandori për çështje kishtare), duke i dhënë asaj në varësi gjithsej 32 krahina kishtare. Kështu, u krijua një Kryepiskopatë e pavarur shumë e madhe, nga e cila vareshin këto episkopata që bëjnë pjesë në Shqipërinë e sotme: e Glavenicës – Akrokeravnisë, e Belegradit – Pulkeriopolit (Beratit), e Çernikës, e Adrianopolit dhe e Butrintit.
    Mitropolia e Durrësit në shek. XI – XIII vazhdon të varet nga Patriarkana e Konstandinopojës. Midis kryepriftërinjëve që e drejtuan, shquhen: Laurenti (1025), Konstandin Kavasila (1180), Romanoi (1240). Hera e fundit ku përmendet mitropoliti i Durrësit nën varësinë e Konstandinopojës është viti 1280, ku më pas shfaqet nën varësinë e Kryepiskopatës së Ohrit. Se si hyri nën juridiksionin e saj, kjo nuk është e qartë. Durrësi ishte vendi i lindjes së muzikantit të madh bizantin Shën Joan Kukuzelit (në shek. XII ose sipas disa të tjerëve në shek. XIV), i cili jetoi në Malin e Shenjtë (Athos). Në Malin e Shenjtë gjithashtu asketuan edhe Shën Nifoni nga Lukova e Himarës dhe Shën Nili Erihioti nga Kanina.
    Pas copëtimit të Perandorisë Bizantine nga latinët në vitin 1204, zona e Epirit të Ri e të Vjetër u ndikua nga planet ekspansioniste të mbretërve anzhuinë të Napolit dhe nga planet tregtare të venedikasve. Me formimin e Despotatit të Epirit (1267 – 1479), shumë episkopata që ndodhen në truallin e Shqipërisë së sotme u gjendën përballë ndikimeve të ndryshueshme, por që nuk është e mundur të përmenden në këtë diagramë të shkurtër e përmbledhëse historike.

    Nga fundi i shek. XI, Kisha Romano-Katolike shtoi përpjekjet për të shtrirë influencën e saj më në jug (me krijimin e episkopatave të Krujës, Antibarit (Tivarit), Shkodrës etj.). Veçanërisht nga shek. XIII, pas sundimit latin (1204 – 1474), pjesa veriore  e Shqipërisë së sotme u ndikua fuqishëm nga Romano-Katolicizmi. Në vitin 1273, pas vdekjes së mitropolitit orthodhoks të Durrësit, pas një tërmeti, u vendos në qytet një episkop romano-katolik. Pushtimi serb në shek. XIV shkaktoi shkretim në shumë krahina. Në të njejtën kohë familjet shqiptare (Topiajt, Balshajt, Shpatat, Muzakajt) formojnë principata të vogla. Në vitin 1335, perandori bizantin Androniku i Ri ndërmerr një fushatë ushtarake nga Konstandinopoja dhe, nëpërmjet Selanikut, arrin në Durrës, duke i imponuar zotërimin bizantin nënshtetasve të tij kryengritës. Më vonë udhëheqësit e fuqishëm lokalë të familjes së Topiajve ua dorëzojnë Durrësin venedikasve, të cilët do ta mbajnë nën kontroll qytetin nga viti 1392 deri në vitin 1501. Në fund të fazës së parë shkëlqen figura heroike e Gjergj Kastriot Skëndërbeut, i cili me luftërat e tij (1451-1468) bëhet simbol i qëndresës së fundit të krishterë ndaj osmanëve. Së fundi, edhe Durrësi bie në duart e turqve, më 1501 dhe kështu kryhet plotësisht pushtimi osman. Gjatë kohës së varësisë së mitropolisë së Durrësit nën atë të Kryepiskopatës së Ohrit, krahina e Durrësit përmendet herë nën një mitropolit me titullin “i Durrësit, Gora-Mokrës”, dhe herë dallohet në mitropoli “e Durrësit” dhe episkopata e “Gora-Mokrës”. Emra të njohur të mitropolitëve të Durrësit të kësaj periudhe janë: Danieli (1693), që më pas bëhet i Korçës (1694); Kozmai (1694), “mitropolit i Durrësit dhe i Dalmatëve”; Neofiti (1760); Grigori (1767).
    Përsa i përket kohës së themelimit të Mitropolisë së Belegradit (Beratit), nuk kemi dëshmi. Emërtimi Belegrad shfaqet në fillimet e  shek. XIV. Ky qytet, që u quajt edhe Berat, u pushtua prej osmanëve në kohën e Sulltan Muratit, në vitin 1431. Përmenden 20 emra kryepriftërinjsh, nga të cilët më të njohurit janë: Ignati (1691 – 1693), që bëhet më vonë Kryepiskop i Ohrit; dhe Joasafi I (1752 – 1760 dhe 1765 – 1801), kur gjatë viteve të tij krahina kishtare e Belegradit u rikthye në fronin e Konstandinopojës.
    Zona e Korçës, madje përpara se të ndërtohej qyteti, në vitin 1490, përfshihej në Mitropolinë e Kastorias (Kosturit), dhe kjo vetë ishte nën vartësinë e Kryepiskopatës së Ohrit. Mitropolia e Korçës u themelua në fillim të shek. XVII, duke mbledhur rreth saj episkopatat e Kolonjës, Devollit dhe Selasforit (Svesdas). Episkopi i parë i njohur i Korçës është Neofiti (1624 – 1628). Në vitin 1670, Kryepiskopi i Ohrit Partheni, nga Korça, e ngriti vendlindjen në rang mitropolie, me titullin Mitropolia e Korçës, Selasforit dhe Moskopolit (Voskopojës).
    Zonat jugore vazhduan të vareshin nga Patriarkana e Konstandinopojës. Prej 18 episkopëve të Delvinës që njihen, ku më i hershmi është Manasiu (1270), shquhen: Sofroni (1540), intelektual i dëgjuar; Zaharia (1670 – 1682), mëshirues dhe predikues i palodhur; Manasiu (1682 – 1695), ndërtues shkollash në fshatrat e krahinës së tij, pararendës në këtë aspekt i Shën Kozmait të Etolisë. Dëshmitë për episkopatën e Drinopolit (shek. XI – XVIII) janë më të shumta. Nga 41 emrat e ditur të episkopëve të saj shquhen: Sofiani (1672-1700), luftëtar heroik kundër kthimeve në myslimanë (islamizimeve); Mitrofani (1752 – 1760), i përgatitur dhe muzikolog i shquar; dhe Dositheu (1760 – 1799), i cili u kujdes për ndërtimin e rreth 70 kishave.
    Gjatë periudhës së sundimit osman problemi më serioz për Kishën ishte kthimi i vazhdueshëm masiv në myslimanë. Më shumë ndikohet popullsia shqiptare –përveç të tjerave, edhe për arsye të mungesës së literaturës së krishterë në gjuhën amtare shqipe. Në të njejtën kohë, në zonën bregdetare të Himarës veprojnë misione të ndryshme propagandistike romano-katolike. Për mbështetjen e orthodhoksëve, nga shek. XVII, në shumë zona ndërtohen manastire të reja, të cilat zhvillohen edhe në qendra të qëndresës orthodhokse, kultivimit shpirtëror, arsimimit dhe aktiviteteve të dobishme sociale, p.sh. manastiret e Raveniës, Pepelit, Drianit, Çepit, Poliçanit, Çatistës, Kamenës, Leshnicës, Kakomisë, Palasës, Himarës, Dhërmiut, Qeparoit, Hormovës, Kodrës, Ardenicës (Ardevusës), Apollonisë, Joan Prodhromit (Pararendësit) në Voskopojë, etj. Gjatë kësaj kohe shumë klerikë punuan me entuziazëm për fuqizimin e popullsisë orthodhokse. Nga këta shquhet hieromonaku (prift murg) Nektar Terpo nga Voskopoja, aktiviteti i të cilit shtrihej në zonën e Beratit e të Shpatit, nga viti 1710 – 1730. I përndjekur u strehua në Itali, ku edhe botoi veprën e tij “Besimi”, për të ndaluar islamizimin e orthodhoksëve.

Në shumë vende të Shqipërisë së Jugut qëndresa orthodhokse fuqizohet me ngritjen e kishave dhe organizimin e shkollave. Një nga qendrat më të rëndësishme orthodhokse ishte Voskopoja, e ndërtuar në një rrafshnaltë, të vështirë për të shkuar. Në shek. XVIII ajo kishte rreth 60.000 banorë dhe njihte një lulëzim të mahnitshëm ekonomik e shpirtëror. Famë të madhe morën: “Akademia e Re” (1744), bibilioteka dhe shtypshkronja e saj. Qytetin e zbukuronin 20 kisha. Deri në vitin 1670 Voskopoja varej drejtpërdrejt nga Kryepiskopi i Ohrit, më pas hyri në Mitropolinë e Korçës. Pas plaçkitjes që iu bë në vitin 1771, sepse kishte marrë pjesë në kryengritjen e Orlofit, filloi rënia e saj, që arriti kulmin në vitin 1916, kur u dogj nga çeta kaçakësh.
    Që të shmangnin islamizimin e dhunshëm dhe në të njëjtën kohë të mbanin identitetin e origjinës së tyre, grupe të robëruara në shumë vende të Perandorisë Osmane preferuan të bëheshin “kripto krishterë” (të krishterë të fshehtë). Në jetën e tyre publike shfaqeshin me emra myslimanë dhe silleshin si të tillë, por në jetën e tyre familjare mbanin traditat e tyre orthodhokse. Në Shqipëri shembulli më tipik i kriptokrishterimit është ai i toskëve të Shpatit, zonës malore në jug të Elbasanit. Ky fenomen zgjati nga fundi i shek. XVII deri në fund të shek. XIX. Nuk munguan në këtë zonë edhe dëshmorët e rinj: oshënar-dëshmor Nikodhimi në vitin 1722 (përmendet nga Elbasani, por është nga Vithkuqi dhe u martirizua në Berat) dhe Kristo kopshtari ose arvanitasi, nga zonat përqark lumit Shkumbin, martirizuar në Konstandinopojë në vitin 1748.