Στις είκοσι εφτά Ιουνίου του χίλια εξακόσια τριάντα οχτώ, δεκαπέντε Γενίτσαροι παρέλαβαν έναν γέροντα Πατριάρχη από το φρούριο Ρούμελη Χισσάρ. Τον επιβίβασαν σε πλοιάριο, τον οδήγησαν στην παραλία του Αγίου Στεφάνου και εκεί τον στραγγάλισαν χωρίς έλεος. Ο πολύπαθος Κύριλλος Λούκαρις γεννήθηκε στον Χάνδακα της Κρήτης το χίλια πεντακόσια εβδομήντα δύο, από γονείς ευσεβείς και περίβλεπτους στην πολιτεία και την Εκκλησία.

Ο πατέρας του Στέφανος υπηρετούσε ως Ιερέας, ενώ διδάσκαλός του στα πρώτα γράμματα στάθηκε ο Ιερομόναχος Μελέτιος ο Βλαστός. Στη Βενετία, όπου έφτασε δώδεκα χρονών, τον ανέλαβε υπό την προστασία του ο Επίσκοπος Κυθήρων Μάξιμος Μαργούνιος. Αργότερα φοίτησε στο φημισμένο Πανεπιστήμιο της Πάδοβας και διδάχθηκε Φιλοσοφία και Θεολογία με ζήλο και επιμέλεια.

Όταν επέστρεψε στην Κρήτη, εκάρη μοναχός στην ιστορική Μονή της Αγκαράθου. Παρέμεινε εκεί ελάχιστα, γιατί τον κάλεσε στην Αίγυπτο ο συγγενής του Άγιος Μελέτιος ο Πηγάς, Πατριάρχης Αλεξανδρείας. Εκείνος τον χειροτόνησε Διάκονο και Πρεσβύτερο και τον ανέδειξε Πρωτοσύγκελλό του.

Σύντομα τον έστειλε στην Πολωνία να στηρίξει το Ορθόδοξο ποίμνιο που χειμαζόταν από την Ουνία και τους διωγμούς του βασιλιά Σιγισμούνδου. Στην Πολωνία ο νεαρός κληρικός εργάστηκε τρία χρόνια με αυταπάρνηση και κινδύνεψε να συλληφθεί και να θανατωθεί από τους διώκτες της Ορθοδοξίας. Ο Μελέτιος Πηγάς τον απέστειλε ξανά ως Μέγα Αρχιμανδρίτη και Έξαρχο, με εντολή να περάσει από την Κρήτη και τη Χίο εναντίον της προπαγάνδας των Ιησουϊτών.

Από εκεί μετέβη στις Παραδουνάβιες χώρες για να στηρίξει την πίστη και να ενισχύσει τους πληθυσμούς. Στο Ιάσιο έλαβε επιστολή να επιστρέψει στην Αλεξάνδρεια, ώστε ο γέροντας Πατριάρχης να του παραδώσει τις τελευταίες υποθήκες και τον Θρόνο. Μετά την κοίμηση του Αγίου Μελετίου εξελέγη Πατριάρχης Αλεξανδρείας σε ηλικία είκοσι εννέα μόλις ετών.

Αμέσως συγκάλεσε τοπική Σύνοδο στο Κάιρο και καταδίκασε τις λατινικές ενέργειες προσεταιρισμού των Κοπτών εναντίον του Πατριαρχείου. Έσπευσε στην Κύπρο, ύστερα από πρόσκληση των Χριστιανών, και ειρήνευσε την τοπική Εκκλησία από τις εσωτερικές έριδες και τις σφοδρές μάχες. Μετέβη στα Ιεροσόλυμα για τη χειροτονία του Πατριάρχη Θεοφάνους και αργότερα κατέληξε στη Δαμασκό για ποιμαντικές υποθέσεις.

Επιστρέφοντας στην Αλεξάνδρεια κήρυττε ακάματα τον θείο λόγο, συντηρούσε ναούς και κτήρια και απάλλαξε τον Θρόνο από τα βαριά χρέη του. Τον Φεβρουάριο του χίλια εξακόσια δώδεκα εξελέγη Επιτηρητής του Οικουμενικού Θρόνου, αλλά παραιτήθηκε εξαιτίας των φατριών μερικών Αρχιερέων. Αναχώρησε για το Άγιον Όρος και έπειτα για τη Βλαχία, όπου παρέμεινε τέσσερα χρόνια διδάσκοντας τον λαό και αντιστεκόμενος στις πιέσεις της Ουνίας.

Πριν φύγει εξέδωσε εγκύκλιο Τόμο προς τους Ορθοδόξους, με τον οποίο καταδίκαζε τη διδασκαλία των Λατίνων και ήλεγχε τους λατινόφρονες τροφίμους της Σχολής του Αγίου Αθανασίου της Ρώμης. Συνιστούσε την απαρασάλευτη εμμονή στην Ορθόδοξη πίστη ως τον μοναδικό τρόπο άμυνας απέναντι στους εχθρούς της ευσεβείας. Συνέγραψε ακόμη δύο πραγματείες σε απλή γλώσσα για να διαφωτίσει το Ορθόδοξο πλήρωμα.

Η πρώτη στρεφόταν εναντίον του πρωτείου του Πάπα Ρώμης, ενώ η δεύτερη είχε μορφή διαλόγου μεταξύ Φιλαλήθους και Ζηλωτού. Με αυτή αποκάλυπτε τις σατανικές μεθόδους των Ιησουϊτών για τον προσηλυτισμό των Ορθοδόξων στους κόλπους τους. Επισκέφτηκε ξανά το Άγιον Όρος και τον Οκτώβριο του χίλια εξακόσια δεκαπέντε επέστρεψε στην Αίγυπτο.

Παρέμεινε εκεί κηρύττοντας και κατηχώντας μέχρι την εκλογή του στον Οικουμενικό Θρόνο της Κωνσταντινουπόλεως, αφού πρώτα τακτοποίησε τα προβλήματα του Αλεξανδρινού Θρόνου. Μετά τον θάνατο του Πατριάρχη Τιμοθέου του Δευτέρου, η Σύνοδος της Κωνσταντινουπόλεως τον ανέδειξε Οικουμενικό Πατριάρχη τον Νοέμβριο του χίλια εξακόσια είκοσι. Μετά από δυόμισι χρόνια απομακρύνθηκε από τον Θρόνο, κατηγορούμενος ότι προετοίμαζε επανάσταση των ελληνικών νησιών εναντίον της Πύλης.

Σιδηροδέσμιος εξορίστηκε στη Ρόδο, όπου ο νέος Πατριάρχης Άνθιμος έστειλε Αρχιερείς να τον πείσουν να υποβάλει κανονική παραίτηση. Εκείνος απέρριψε την πρόταση και με διαταγή του Μεγάλου Βεζύρη επέστρεψε θριαμβευτικά στη Βασιλεύουσα τον Σεπτέμβριο του ίδιου έτους. Οι Χριστιανοί συνέρρεαν στον Γαλατά για να πάρουν την ευλογία του και ζητούσαν επίμονα την επάνοδό του στον Θρόνο.

Ο Άνθιμος αναγκάστηκε να παραιτηθεί και ο Κύριλλος επανήλθε ως γνήσιος ποιμένας τους. Οι πολέμιοί του όμως βρήκαν πειθήνιο όργανο τον Βεροίας Κύριλλο Κονταρή, ο οποίος εγκαταστάθηκε στην Πόλη και άρχισε να τον συκοφαντεί. Διέδιδε ότι ο Πατριάρχης βρισκόταν σε μυστική επικοινωνία με τους εχθρούς της Υψηλής Πύλης και ότι συνωμοτούσε εναντίον της.

Οι συκοφαντίες έγιναν αποδεκτές, ο Πατριάρχης απομακρύνθηκε, αλλά λόγω της λαϊκής αγανάκτησης επανήλθε στον Θρόνο σε εφτά ημέρες. Οι εχθροί του δεν σταμάτησαν ούτε στιγμή τις μεθοδεύσεις τους, καταβάλλοντας τεράστια χρηματικά ποσά στους τούρκους αξιωματούχους. Τον Μάιο του χίλια εξακόσια τριάντα τέσσερα κατόρθωσαν να τον εξορίσουν στην Τένεδο και ανέβασαν στον Θρόνο τον Θεσσαλονίκης Αθανάσιο Πατελλάρο.

Η παρανομία όμως δεν διήρκεσε πολύ, καθώς μετά από έναν μήνα ο Αθανάσιος έπεσε και ο Κύριλλος επανήλθε θριαμβευτικά. Τον Μάρτιο του χίλια εξακόσια τριάντα πέντε οι Ιησουΐτες κίνησαν νέα επίθεση εναντίον του με άφθονα χρήματα. Πέτυχαν την απομάκρυνσή του και την άνοδο στον Θρόνο του Κονταρή, ο οποίος συνέλαβε και περιόρισε τον γέροντα πλέον Πατριάρχη.

Σύμφωνα με έγγραφο του Αυστριακού Πρεσβευτή Schmidt, ο Κονταρής σχεδίαζε να τον τυφλώσει ή να τον δηλητηριάσει. Αποφασίστηκε τελικά να ναυλωθεί πλοίο με έμπιστο πλήρωμα, υποτίθεται για τη μεταφορά του εξόριστου στη Ρόδο. Ο πλοίαρχος είχε εντολή να τον παραδώσει σε πειρατές, ώστε να μεταφερθεί τελικά στη Μάλτα.

Στην Πόλη θα διέδιδαν τη φήμη ότι Μελιταίοι αιχμαλώτισαν το πλοίο και άρπαξαν τον Πατριάρχη. Η ολλανδική Πρεσβεία όμως κατάφερε μέσω κατασκόπου να μάθει εγκαίρως τα τεκταινόμενα. Το πλήρωμα εξαγοράστηκε και οδήγησε το πλοίο στη Χίο, όπου βρισκόταν ο διοικητής της Ρόδου Μπεκήρ Πασάς.

Εκείνος ήταν φίλος του Πατριάρχη και τον πήρε υπό την προστασία του στη Ρόδο μέχρι τα μέσα του χίλια εξακόσια τριάντα έξι. Επέστρεψε στην Κωνσταντινούπολη και επανήλθε στον Θρόνο τον Μάρτιο του χίλια εξακόσια τριάντα εφτά. Βρισκόταν ήδη σε προχωρημένη ηλικία, αλλά αγωνιζόταν ακάθεκτος υπέρ της Ορθοδοξίας ως ο μέγας γέρων του Γένους.

Οι Ιησουΐτες πείστηκαν ότι ήταν ακατάβλητος και αποφάσισαν να επιδιώξουν με κάθε μέσο τον θάνατό του. Τον Ιούνιο του χίλια εξακόσια τριάντα οχτώ ο Schmidt, σε συνεννόηση με την Προπαγάνδα, προέβαλε νέα κατηγορία στις τουρκικές αρχές. Ισχυρίστηκε ότι ο Κύριλλος προετοίμαζε ρωσική επίθεση κατά της Κωνσταντινουπόλεως και ταυτόχρονη επανάσταση των Ελλήνων.

Ο Σουλτάνος Μουράτ, ο οποίος βρισκόταν στην εκστρατεία κατά της Βαγδάτης, αποδέχτηκε τις κατηγορίες χωρίς αμφιβολία. Με εισήγηση του Μεγάλου Βεζύρη Μπαϊράμ πασά διέταξε τον άμεσο θάνατο του γέροντος Πατριάρχη. Ο Κύριλλος συνελήφθη στις είκοσι δύο Ιουνίου και φυλακίστηκε στο φρούριο Ρούμελη Χισσάρ αναμένοντας το τέλος.

Πέντε ημέρες αργότερα οι δήμιοι τον μετέφεραν στην παραλία του Αγίου Στεφάνου και τον θανάτωσαν με στραγγαλισμό. Ο λαός πληροφορήθηκε την επομένη το τραγικό γεγονός και ξεσηκώθηκε εναντίον του Κονταρή, εκείνος όμως προσποιήθηκε άγνοια. Το ιερό σώμα του τάφηκε πρόχειρα στην άμμο του αιγιαλού, αλλά μετά από τρεις ημέρες οι άνθρωποι του Κονταρή το ξέθαψαν.

Το πέταξαν στη θάλασσα για να μη βρεθεί από τους Χριστιανούς και να μη γίνει αντικείμενο τιμής. Το ανέσυραν όμως κάποιοι αλιείς, ή κατ’ άλλους ευσεβείς Χριστιανοί που το αναζήτησαν με επιμονή. Μεταφέρθηκε κρυφά και ενταφιάστηκε στη Μονή του Αγίου Ανδρέα, στην ομώνυμη νησίδα του κόλπου της Νικομήδειας.

Μετά από τρία χρόνια ο Οικουμενικός Πατριάρχης Παρθένιος ο Πρώτος ο Γέρων μερίμνησε για την ανακομιδή των λειψάνων στο Πατριαρχείο. Έπειτα έδωσε εντολή να μεταφερθούν στη Μονή Καμαριωτίσσης της Χάλκης και να τοποθετηθούν κάτω από την αγία Τράπεζα. Το χίλια εννιακόσια εβδομήντα πέντε αποδόθηκαν στην Ιερά Μονή Αγκαράθου της Κρήτης, όπου φυλάσσονται ευλαβικά μέχρι σήμερα.