Rruga e Autoqefalisë së Kishës sonë ka kaluar mes vështirësish, por ka qenë relativisht e shpejtë. Pas Pavarësisë dhe sidomos pas Kongresit të Lushnjës, filloi të rritej e kristalizohej kërkesa për një “Kishë të pavarur në shtet të pavarur”. Përpjekja e parë e rëndësishme ishte Kongresi i Beratit, që kremton këtë shtator 100-vjetorin e mbledhjes. Pas tij nisën bisedimet me Patriarkanën Ekumenike, e cila, me gjithë vështirësitë, u finalizuan kanonikisht me Tomosin Patriarkal, që do ta njihte Autoqefalinë 15 vjet më vonë, në vitin 1937.
Më 10 shtator 1922, Kongresi u mblodh në sallën e shkollës së Mangalemit. Mbledhja nisi nën kryesimin e priftit atë Josif Qirici dhe në të u përfaqësuan komunitetet orthodhokse shqiptare me delegatë. Më 12.9.1922, Kongresi shpalli pavarësinë administrative të Kishës Orthodhokse. Por duke qenë se në të nuk kishte asnjë episkop, vendimet nuk kishin vlerë kanonike. Në ditën e tretë të punimeve, Kongresi votoi edhe një statut. Autoriteti më i lartë do të ishte Këshilli i Lartë, i cili përsëri nuk kishte në gjirin e tij asnjë episkop. Kryetar u zgjodh atë Vasil Marku, i cili kishte ardhur në Shqipëri nga SHBA në vitin 1921, së bashku me atë Agathangjel Çamçe.
Këshilli u autorizua nga Kongresi të hynte në marrëveshje me Patriarkanën Ekumenike dhe, po të ishte nevoja dhe me Patriarkanat e Kishat e tjera orthodhokse autoqefale, për njohjen zyrtare të autoqefalisë së Kishës sonë (artikulli 5) dhe të kërkonte nga Patriarkana dhe dy Episkopë për formimin e Sinodit të Shenjtë (art. 6). Si gjuhë zyrtare e Kishës, si në korrespondencë dhe në shërbesat fetare, u caktua shqipja, por gjersa të përktheheshin e të botoheshin prej Sinodit të Shenjtë të gjithë librat liturgjikë të nevojshëm, mund të përdorej dhe greqishtja (art. 10).
Në Kongresin e Beratit u diskutua edhe për një rregullore të Kishës, ku u bënë propozime të ndryshme që kishin të bënin me të ardhurat e kishave dhe të manastireve, duke zgjedhur një komision për kontrollin e tyre. Si qendër e Kishës u caktua qyteti i Korçës.
Kongresi i mbylli punimet më 19 shtator 1922. Patriarkana Ekumenike, e informuar për zhvillimet që po ndodhnin në Shqipëri, vendosi të dërgonte Mitropolitin e Meletit, Jerotheun, me origjinë nga Përmeti, si ekzark patriarkal, i cili mbërriti në Korçë në datën 27 nëntor 1922. Hirësia e Tij, Jerotheu, i dërgoi Patriarkanës Ekumenike raportin përkatës dhe i kërkoi dërgimin e një delegacioni nga Kisha Shqiptare për t’u sqaruar. Delegacioni u nis në mars 1922 dhe kryesohej nga atë Vasil Marku, i cili i paraqiti Patriarkanës Ekumenike vendimet e Kongresit të Beratit. Por delegacioni u kthye në Shqipëri pa rënë dakord. Patriarkana Ekumenike, e njoftuar mbi sa po ngjanin në Shqipëri dhe duke dashur të këtë dijeni të plotë të çështjes kishtare, ngarkoi Hirësinë e Tij, Episkopin e Meletit, Imzot Jerotheun, të shkonte në vend dhe si t’i ekzaminonte me kujdes punët e Kishës, të bënte raportin e duhur. Hirësia e Tij erdhi në Korçë më 27 nëntor të atij viti. Ai lavdëroi zellin dhe akordin e orthodhoksëve të Shqipërisë, si dhe dashurinë e respektin e madh që kishin këta për Fronin Ekumenik dhe i dërgoi Patriarkanës raportin përkatës, duke e lutur që të pranohej nga ana e saj një komision i Kishës së Shqipërisë për t’u marrë vesh, komision i cili, nën kryesinë e kryetarit të Këshillit së lartë, u nis nga fundi i marsit dhe arriti në Stamboll nga mesi i prillit. Vërtet, Patriarkana i pranoi anëtarët e komisionit, por meqë ajo parashikonte një farë varësie të Kishës Shqiptare prej saj, gjë që ishte kundër statutit që u votua nga Kongresi i Beratit, komisioni u gjend i shtrënguar të kthehej në Shqipëri pa mbaruar punë.
Dy muaj pas kthimit të komisionit, edhe një tjetër episkop shqiptar, Imzot Kristofor Kissi, erdhi në Shqipëri për t’i ofruar shërbimet e tij çështjes së Kishës Shqiptare. Këta dy episkopë, Imzot Jerotheu, si i Korçës dhe Imzot Kristofori, si i Beratit, më 24 nëntor 1923 dorëzuan episkop Imzot Theofan Nolin, i cili u emërua në Mitropolinë e Durrësit. Pas vitit 1924 dhe largimit të Imzot Theofanit, vazhduan tentativat për arritjen e Autoqefalisë. Por as ardhja dy herë e Imzot Krisanthit si Ekzark i Patriarkanës, nuk solli ndonjë përfundim.
Përfundimisht, pas Kongresit, përsëri jo me vlerë kanonike, të Korçës, në vitin 1929, marrëveshja me Patriarkanën Ekumenike u arrit në vitin 1937. Pas kësaj, u dha Tomosi i Autoqfalisë dhe Imzot Kristofori u zgjodh Kryepiskopi i parë kanonik i Kishës sonë.
Th. Dh.