Apolonia, sipas burimeve historike, në shek. V del si episkopale më vete, me episkop Feliksin. Si e tillë, ajo vazhdon të përmendet edhe në shek. VI. Këto të dhëna tregojnë, se bashkësia e krishterë, që thuhet se ishte krijuar nga Apostull Pavli, jo vetëm që mbijetoi, por edhe u zhvillua, duke arritur të bëhet një qendër episkopale e dëgjuar.
Në vazhdim të këtyre shekujve, për të gjithë vendin tonë krijohet një gjendje shumë e errët përsa u përket burimeve historike. Megjithatë, monumentet që shpëtuan dëshmojnë vazhdimësinë. Nisur prej tyre krijohet mundësia, që të plotësohen dhe të saktësohen të dhëna të rëndësishme për hartimin e historisë së kishës dhe besimit të krishterë në vendin tonë.
Një nga këto monumente, i cili arriti të shpëtojë në një gjendje disi të mirë është kisha dhe pjesërisht manastiri i Shën Marisë në Apoloni.
Kisha e këtij manastiri është konsideruar nga studiues të derisotëm si një ndërtim i shek. XII-XIV. Por, mendojmë, se faza fillestare e ndërtimit duhet të jetë shumë më e hershme. Ka shumë mundësi, që kjo kishë të lidhet me katedralen e episkopatës së shek. V-VI. Si element kryesor për të mbështetur këtë mendim është shkallarja përreth apsidës së kishës, në pjesën e brendshme të saj, që ruhet pjesërisht deri në ditët tona. Kjo shkallare tregon, qartë për një funksion të veçantë dhe konkretisht për vendosjen e froneve ku uleshin episkopët. Ky element është konstatuar edhe më parë dhe është pranuar se kisha ka qenë katedër episkopale, por nuk është sqaruar fakti, se në shek. XII-XIV Apolonia nuk ka qenë asnjë herë qendër episkopale. Për një datim të hershëm të kësaj kishe, tregojnë, jo vetëm zgjidhja arkitektonike, por, edhe teknika e ndërtimit dhe materialet e përdorura në fazën fillestare të saj.
Kisha e Shën Marisë në Manastirin e Apolonisë, siç vërehet edhe në gjendjen e sotme, paraqet një zgjidhje arkitektonike të mirënjohur, që në kohët më të lashta të kishave bizantine. Nga ana tipollogjike kjo kishë përfshihet në kishat e tipit “kryqi i brendashkruar me kupolë”. Ajo është me përmasa të konsiderueshme për një kishë manastiri, kurse si katedrale ajo plotësonte në të gjitha drejtimet, si anën funksionale, ashtu edhe atë arkitektonike.
Në ndërtim janë përdorur blloqe guri të nxjerra nga rrënojat e monumenteve antike të Apolonisë, gjë që e përforcoi mendimin, se faza e parë e ndërtimit lidhet me kishën katedrale të episkopatës së Apolonisë të shek. V-VI.
Në faqen e brendshme të murit perëndimor të sallës kryesore është ruajtur një copë afresku, ku paraqitet portreti i një plaku, ndoshta ndonjë shenjtor. Kjo pjesë pikture, megjithëse shumë e vogël, tregon, se kisha ka qenë e pikturuar me afreske, që në kohët më të lashta. Në sondazhet e bëra më vonë është zbuluar edhe një skenë e vogël, e pikturuar në niken e majtë të absidës. Në këtë skenë të vogël paraqitet zbritja e trupit të Krishtit nga kryqi. Kjo pikturë në afresk është, gjithashtu e fazës së parë të pikturimit të kishës dhe e njëkohshme me portretin, që përmendëm. Në studimet e fundit, fragmentet e pikturës murale të zbuluara brenda kishës, janë konsideruar si më të hershme nga piktura murale e trapezarisë.
Manastiri përreth gërmadhave të katedrales së Apolonisë, tregon për një kohë rigjallërimi të besimit dhe kishës së krishterë. Ky manastir është nga më të hershmit në zonën e Myzeqesë dhe në kohën e tij ishte edhe një qendër e rëndësishme kulturore kishtare. Për periudhën e parë të këtij manastiri nuk ka ndonjë të dhënë historike. Ekziston diçka për praninë e një ndërtese të veçantë brenda oborrit, e cila, për nga trajtimi arkitektonik dhe zbukurimi i brendshëm, tregon se ishte trapezaria e manastirit. Kjo trapezari ka rëndësi, sepse është e vetmja, që ruhet në vendin tonë. Nga ana tjetër ajo ka vlera të mëdha arkitektonike e artistike të ruajtura mjaft mirë.
Trapezaria paraqitet me një planimetri të tipit bazilik në formë kryqi. Ka një sallë të gjatë me tre absida të vendosura në pjesën jugore, e cila përcakton dhe vendin kryesor të vetë trapezarisë. Tapezaria ka një sipërfaqe rreth 70 m2, çka tregon, se brenda saj shtrohej një trapezë, rreth së cilës mund të uleshin mbi 70 veta. Ky numër tregon indirekt për një manastir me një personel, klerikë e parikë, me një funksion të veçantë.
Në qoftë se kemi parasysh diplomën e perandorit bizantin Vasili i II, drejtuar kryepiskopit të Ohrit, në vitin 1019, me anë të së cilës i caktohen kryepiskopatës së Ohrit, për të gjithë territorin në varësinë e saj, 40 klerikë dhe 30 parikë etj., atëhere mendojmë, se Manastiri i Shën Marisë në Apoloni ka qenë një qendër kulturore e krishterë me rëndësi të veçantë.
Ndërtimet e periudhës së parë mendojmë të jenë të njëkohshme me rindërtimin e përgjithshëm të kishës së rrëzuar, si dhe vetë themelimin e manastirit. Teknika e përdorur është njohur edhe në ndërtimin e mureve rrethues të kalave mesjetare, si në Butrint, Berat etj. dhe zë fill me rindërtimin e kishave gjatë shek. X-XII.
Në një kohë më të vonë se ndërtimi i trapezarisë, kishës i është shtuar edhe eksonarthëksi, i cili ruhet në gjendje thuajse të plotë. Në brendësi të narthëksit ruhet një skenë e pikturuar, ku paraqitet familja perandorake e derës së Paleollogëve. Në qendër të kësaj skene paraqitet perandori Mihail Paleollogu i VIII. Ai me veshje ceremoniale, qëndron para së Tërëshenjtës Mari, që i ka dorëzuar, në mënyrë figurative tempullin e dhuruar prej tij. Perandori mban në dorë një krisobulë, ku mendohet se janë përcaktuar edhe pronat e dhuruara me këtë rast nga perandori. Në një mbishkrim, që ruhet në këtë skenë perandorin e paraqet si mbrojtës i murgjërve, gjë, që mund të lidhet me funksionin kryesor, që dukej se ushtronte akoma ky manastir në pregatitjen e klerit të krishterë. Në mbishkrime të tjera prezantohen persona të tjerë të familjes perandorake, që marrin pjesë në këtë ceremoni kaq të rëndësishme.
Piktura murale e kësaj skene është trashëguar shumë e dëmtuar dhe fatkeqësia më e madhe është, se megjithë kujdesin që është treguar me ndërhyrje restauruese, të cilat janë bërë nga specialistë në këtë fushë, ngjyrat e pikturës vijnë gjithnjë, duke u zbehur. Kjo gjë tregon, se vlerat artistike të kësaj vepre unikale për vendin tonë janë gjithnjë në rrezik të humbasin.
Duke analizuar të gjitha të dhënat, që mund të nxirren nga vlerësimi arkitektonik, i pikturës murale, mbishkrimeve, që mund të lexohen, si edhe nga elemente të tjerë të eksonarthëksit, mund të arrihet në përfundimin, se kisha dhe manastiri i Apolonisë kanë pasur një rindërtim ndoshta edhe një riorganizim në kohën e sundimit të perandorit Mihail Paleollogut VIII.
Ndërhyrja më e fundit në konaket e manastirit, gjysmë të shkatërruar nga operacionet luftarake Austro-Italiane të viteve 1916-1918, ishin ndërtimet e viteve 1960 kohë në të cilën manastiri u kthye në muze arkeologjik. Në këtë kohë edhe në kishë u ndalua të kryheshin ritet fetare.
Kjo do të ishte një përmbledhje e shkurtër e historisë, thuajse 2000 vjeçare e kishës dhe bashkësisë së krishterë, themelet e së cilës thuhet se i vuri vetë Apostull Pavli në Apoloninë e Ilirisë.
Koço Zheku