Të mbështetur në burime të pakta historike dhe në studimet që janë bërë gjatë restaurimit të pikturës murale të kishës dhe ndërhyrjeve konsoliduese në konakët dhe mjediset e tjera të manastirit, në mënyrë të përmbledhur, mund të thuhet se: si zanafillë e manastirit mendohet të ketë qenë kisha e vogël e Shën Triadhës, në majë të kodrës, ndërtuar sipas gojdhënës, në kohën e Despotatit të Epirit, në shekujt XII-XIII. Në këtë kishë, të rindërtuar disa herë, e cila ruhet akoma edhe sot, mendohet se është kurorëzuar heroi legjendar i krishtërimit Gjergj Kastrioti, më 1451. Ngritja e vetë manastirit sipas një mbishkrimi të gdhendur në gur ka filluar në vitin 1477. Ky gur është i murosur akoma edhe sot, mbi harkun e qemerit, nga ana e brendshme e hyrjes kryesore të manastirit.
Faza e dytë e ndërtimeve të Manastirit të Ardenicës lidhet me zhvillimin ekonomik e kulturor dhe përkushtimin e besimtarëve të krishterë, të cilët, duke përfituar nga disa të drejta dhe liri që i fituan në fillim të shekullit XVIII, rifilluan të ndërtojnë në të gjithë vendin kishat dhe manastiret e tyre, sidomos ndër ato vende ku të krishterët i shpëtuan myslimanizmit. Si shembuj të këtij zhvillimi mund të përmendim lulëzimin e qytetit të Voskopojës dhe ndërtimin e kishave madhështore të Voskopojës, Shipskës, Vithkuqit etj.
Kisha e re e ndërtuar brenda Manastirit të Ardenicës i përket kësaj periudhe, shek. XVIII dhe i kushtohet Lindjes së Shën Marisë, që festohet me 8 shtator. Kjo kishë ka përmasa të mëdha dhe është e tipit të përdorur. Në qoshen jug-perëndimore të kishës në kohë të mëvonshme është shtuar këmbanorja dhe një mjedis i vogël i veçuar për pagëzimin e fëmijëve.
Salla qendrore, naosi, është i ndarë në tre pjesë me shtylla druri, mbi të cilat mbështetet tavani i punuar me dërrasa në forma dekorative. Në anën lindore të sallës qendrore, është vendosur ikonostasi prej druri, punim i njëkohshëm me ikonat e Konstandin Shpatarakut. Naosi ndriçohet nga një rresht dritaresh të hapura në muret gjatësore, si dhe me nga një dritare e hapur në apsidën lindore.
Kisha ka qenë e gjitha e pikturuar në vitin 1744 nga piktorët Kostandin e Athanas Zografi. Këta vëllezër piktorë nga Korça kanë qenë të mirënjohur dhe kanë pikturuar kisha në Korçë, Voskopojë, Vithkuq, Libofshë etj. Piktorët Kostandin e Athanas kanë pikturuar, për disa vjet me radhë edhe shumë kisha të manastireve të Malit të Shenjtë.
Piktura murale e kësaj kishe, megjithëse shumë e dëmtuar, është gjithnjë një vepër e madhe e me shumë vlera artistike e historike. Ajo njëkohësisht tregon në mënyrë të qartë se shumë besimtarë të krishterë kanë punuar me përkushtim edhe në kondita shumë të vështira të okupacionit otoman, kanë lënë vepra me vlera të rralla.
Dëmtimet më të mëdha të pikturës murale janë shkaktuar nga rrëzimi i suvasë në muret me shumë lagështi. Eshtë rasti të përmendim se ndërhyrjet restauruese-konsoliduese që janë bërë në pikturën murale të kësaj kishe në vitet 1984-1985 nga Instituti i Monumenteve, nën drejtimin e piktorit restaurator Skënder Mihalçka, kanë qenë të domosdoshme dhe me kompetencë dhe janë arritur rezultate në drejtim të parandalimit të dëmtimeve të mëtejshme.
Ikonostasi i kishës ishte i zbukuruar me disa rreshta ikonash, të mëdha e të vogla, të gjitha të punuara nga ikonografi i shquar i shek. XVIII, ieromonaku Konstandin Shpataraku. Ky piktor i mirënjohur në ikonografinë mesjetare shqiptare, ka punuar gjithashtu ikonat e kishës së Shën e Premtes në Kavajë.
Kostandin Shpataraku, me origjinë nga Shpati i Elbasanit, ka pasur një veprimtari të madhe e shumë të pasur me ikona të shumëllojshme, si në tematikë dhe në përmasa. Sipas autorëve që e kanë studiuar këtë piktor, ikonat e trashëguara nga dora e tij konsiderohen si veprat më me vlerë të shekullit XVIII, që ruhen në vendin tonë.
Me interes është të përmendim se në ikonën e Shën Joan Vladimirit, që ndodhej në ikonostasin e kishës së Ardenicës, Kostandin Shpataraku ka pikturuar në miniaturë princin shqiptar të mesjetës Karl Topinë. Në këtë rast, kjo ikonë është e vetmja në vendin tonë, që na bën të njohur një nga princat e shek. XIV të Shqipërisë së Mesme.
Manastiri i Ardenicës ishte një vatër kulturore e arsimore e rëndësishme. Aty është shkruar një libër i titulluar PISTIS (besimi), ku ndër të tjera përshkruhen vuajtjet mish-ngjethëse që pësonin të krishterët nga jeniçerët turq. Autori i këtij libri ishte Nektar Terpo-Voskopojari. Ky libër është botuar në Venedik më 1779 dhe është shtypur në gjashtë edicione, nga të cilët i pari në 1732. Manastiri i Ardenicës vazhdonte të ishte, sikurse edhe manastiret e tjera të vendit tonë, një vend i shenjtë dhe një qendër e rëndësishme për të gjithë besimtarët e krishterë orthodhoksë.
Duke filluar nga viti 1945 pushteti i kuq ateist filloi, së pari, të shkatërrojë ekonominë ndihmëse të këtij manastiri, duke i caktuar tatime të larta për përfitime të jashtëzakonshme! Në vazhdim të këtyre masave grabitqare, Manastirit i marrin tokën bujqësore, bagëtinë, kafshët dhe veglat e punës, që ua ndanë kooperativave që u krijuan me dhunë në fshatrat përreth manastirit.
Gjatë periudhës së errët e shkatërruese të pushtetit komunist, manastiri i Ardenicës nga një qendër kulturore fetare shumë shekullore u kthye edhe në një vend internimi për klerikët e kishës orthodhokse. Aty ka qenë internuar, pas burgimit, i ndjeri episkop Irineu, i cili ishte një nga personalitetet më të shquara të Kishës Orthodhokse Autoqefale të Shqipërisë.
Pas vendimit për shkatërrimin e gjithë institucioneve dhe objekteve të kultit fetar në të gjithë Shqipërinë, sepse ato ishin pengesa të mëdha për zhvillimin e shpejtë të ashtuquajturit “revolucion kulturor”, manastiri i Ardenicës, i shpëtoi shkatërrimit fizik, për vlerat e veçanta të kishës dhe ndërtimeve të manastirit. Por, menjëherë pas këtij vendimi të pashoq në të gjithë botën, kisha dhe manastiri nuk do të lejohej të ishin një vend i shenjtë, por do të shërbenin si objekte turistike. Për këtë qëllim, godinat e manastirit u kthyen në dhoma gjumi, restorante e taverna.
Kjo gjendje zgjati për disa dekada me radhë, derisa, më në fund, sivjet, në periudhën e Pashkës, Manastiri i Ardenicës iu kthye besimtarëve të krishterë orthodhoksë.