Το χίλια οκτακόσια επτά άφησε διάδοχο στη σχολή τον Πανταλέοντα Φραγκιάδη και εγκαταστάθηκε στη Φιλαδέλφεια, την έδρα της μητρόπολής του.

Έξι χρόνια αργότερα, το χίλια οκτακόσια δεκατρία, μετατέθηκε στην ιστορική μητρόπολη της Αδριανουπόλεως.

Προσπάθησε να ιδρύσει εκεί Ιερατική σχολή, αν και η προσπάθεια αυτή δεν στέφθηκε με επιτυχία λόγω των δυσχερειών της εποχής.

Οργάνωσε όμως σχολείο και βιβλιοθήκη με τη γενναιόδωρη συνεργασία του Αδριανουπολίτη Γεωργίου Σακελλαρίου, ενός από τους πλουσιότερους εμπόρους της Αυστρίας.

Σχολάρχης διορίστηκε ο Στέφανος Καραθεοδωρής, ενώ ο ίδιος ο Δωρόθεος δίδασκε θεολογία, φιλοσοφία και επιστήμες στους νέους μαθητές.

Το χίλια οκτακόσια είκοσι κλήθηκε ως συνοδικός στην Κωνσταντινούπολη, χωρίς να γνωρίζει τι τρομερό τον περίμενε εκεί.

Έναν χρόνο μετά, τον Απρίλιο του χίλια οκτακόσια είκοσι ένα, συνελήφθη μαζί με τον πατριάρχη και άλλους αρχιερείς και απαγχονίστηκε στο Μέγα Ρεύμα.

Ανήκει στους μεγάλους διδασκάλους του γένους κατά τη φθίνουσα τουρκοκρατία και συνέβαλε στον ελληνοκεντρικό διαφωτισμό μέσα στα πλαίσια της παράδοσης.

Επιμελήθηκε ακόμη την πρώτη έκδοση του Πηδαλίου του Αγίου Νικοδήμου του Αγιορείτου το χίλια οκτακόσια.