Pas shpërthimit të revolucionit në hegjemonitë danubiane, patriarku u urdhërua me firman të dërgonte disa nga kryepriftërinjtë e kualifikuar në Portë. Kur rebelimi i Peloponezit u vu në vëmendje të sulltanit, u kërkuan persona të veçantë dhe arrestimet e udhëheqësve u bënë gradualisht brenda disa ditësh. Dionisi i Efesit ishte i pari që u arrestua dhe u burgos, i ndjekur nga Athanasi i Nicomodeias dhe Eugenios i Aghialos, të cilët u dënuan me vdekje së bashku me patriarkun. Pas dhjetë prillit, mitropolitët Grigori i Derkës, Ioannikios i Tyrnovou, Dorotheu i Adrianoupolis dhe Iosif i Selanikut u arrestuan dhe u burgosën në Fourno të Bostantzimbasi. Burgosja e hierarkëve zgjati për një kohë të konsiderueshme në qelitë e lagështa dhe të errëta të Kostandinopojës. Më njëzet e shtatë maj, kur sulltani u informua për djegien e një dikroti turk në Lesbos, ai urdhëroi ekzekutimin e tyre në shenjë hakmarrjeje. Më 3 qershor, katër viktimat u dërguan me xhelatin e tyre në plazhin evropian të Bosforit për t’u ekzekutuar. I pari që u var ishte Tyrnovou Ioannikios në Arnautkioi, pastaj Adrianoupoleos në Megalo Reuma, i treti Iosif në Neochori dhe i fundit Derkon në Therapia. Pas martirizimit të Jozefit, pasuria e tij u konfiskua dhe Shkolla e qytetit të tij u privua nga mbështetja financiare që merrte.