Sinodi i Shenjtë i Kishës Orthodhokse Autoqefale të Shqipërisë përbëhet nga: Fortlumturia e Tij Kryepiskopi z. Anastas, kryetar; Mitropoliti i Beratit, Hirësia e Tij z. Ignati; Mitropoliti i Korçës, Hirësia e Tij z. Joani; Mitropoliti i Gjirokastrës, Hirësia e Tij z. Dhimitri; Episkopi i Apolonisë, Hirësia e Tij z. Nikolla; Episkopi i Krujës, Hirësia e Tij z. Andoni; Episkopi i Amantias, Hirësia e Tij z. Nathanaili; Episkopi i Bylisit, Hirësia e Tij z. Asti; Kryesekretar i Përgjithshëm, Protopresviter z. Jani Trebicka.


Historik i shkurtër (1992 - sot)

•    Në vitin 1998 me Hirin e Perëndisë u riformua Sinodi i Shenjtë i Kishës Orthodhokse Autoqefale të Shqipërisë. Fronëzimi i Hirësisë së Tij z. Ignati, Mitropolit i Beratit, Vlorës dhe Kaninës, u krye të shtunën, më 18 korrik 1998, në kishën “Shën Spiridhoni” të qytetit të Beratit. Fortlumturia e Tij z. Anastasi, Kryepiskopi i Tiranës, Durrësit dhe i gjithë Shqipërisë kryesoi shërbesën, së bashku me dy përfaqësuesit e Patriarkanës Ekumenike, Hirësinë e Tij Evangjelos, Mitropolit i Pergjit dhe Hirësinë e Tij Meliton, Mitropolit i Filadelfias.
    Në pasditen e së njëjtës ditë, Kryepiskopi Anastas dhe Mitropoliti Ignat formuan së bashku bërthamën e parë të Sinodit të Shenjtë të Kishës Orthodhokse Autoqefale të Shqipërisë, ku së bashku me dy përfaqësuesit e Patriarkanës Ekumenike mbajtën një mbledhje të jashtëzakonshme të Sinodit të Shenjtë në Tiranë. Në këtë u zgjodh si Mitropolit i Korçës arkimandrit Joan Pelushi, i cili kishte shërbyer më parë si pedagog dhe dekan i Akademisë Teologjike “Ngjallja e Krishtit” në Durrës, dhe si Episkop i Apolonisë dhe Episkop Ndihmës i Kryepiskopit u zgjodh i përndershmi prifti Ikonom Atë Kozma Qirjo. Ky përfaqësonte brezin e hershëm të priftërinjve, i cili me heroizëm gjatë viteve të egra të persekutimit fetar pagëzonte dhe kryente Liturgji Hyjnore fshehurazi.
    Më 20 korrik, në kishën “Ungjillëzimi i Hyjlindëses”, në Tiranë, u krye dorëzimi në gradën episkopale  të Hirësisë së Tij, Mitropolitit të Korçës z. Joan nga Kryepiskopi Anastas dhe Mitropolitët e sipërpërmendur, ndërsa fronëzimi i tij u krye në Korçë, më 25 korrik, në kishën mitropolitane “Burimi Jetëdhënës”.
Ndërsa më 23 korrik po në kishën “Ungjillëzimi i Hyjlindëses” në Tiranë u krye dorëzimi i Episkopit të Apolonisë nga Kryepiskopi Anastas dhe të gjithë anëtarët e Sinodit të Shenjtë.
    Kryesekretar i Përgjithshëm i Sinodit të Shenjtë të Kishës Orthodhokse Autoqefale të Shqipërisë u caktua Protopresviteri z.Jani Trebicka.

•    Më 11 gusht 2000, Hirësia e Tij Kozmai fjeti në Zotin, duke lënë vakant vendin e Episkopit të Apolonisë.

•    Nga 3-4 nëntor 2006, në Manastirin e Shën Vlashit, në Durrës, u mblodh posaçërisht Asambleja Kleriko-Laike e Kishës Orthodhokse të Shqipërisë, e përbërë nga 257 anëtarë, e cila shqyrtoi nen për nen dhe pranoi unanimisht Statutin e ri të Kishës. Më 6 nëntor, u mblodh Sinodi i Shenjtë, i cili aprovoi Statutin e Ri të Kishës Orthodhokse Autoqefale të Shqipërisë.

•    Në mbledhjen e Sinodit të Shenjtë të datës 11 nëntor 2006, u vendos që të ngrihen në gradën episkopale tre arkimandritë të Kishës sonë: Dhimitër Sinaiti, Nikolla Hyka dhe Andon Merdani.
    Arkimandrit Dhimitër Sinaiti, u caktua Mitropolit i Gjirokastrës, mitropoli në të cilën kishte shërbyer në 15 vitet e fundit si zëvendësmitropolit; arkimandrit Nikolla Hyka, u caktua Episkop i Apolonisë dhe arkimandrit Andon Merdani, u caktua Episkop i Krujës, të cilët i përkasin brezit të ri të klerikëve të formuar në Akademinë Teologjike “Ngjallja e Krishtit” në Shën Vlash të Durrësit. Të dy episkopët u caktuan episkopë ndihmës të Kryepiskopit.
    Më 16 nëntor, në kishën “Ungjillëzimi i Hyjlindëses”, në Tiranë, u krye dorëzimi në gradën episkopal të Hirësisë së Tij, Mitropolitit të Gjirokastrës z. Dhimitër nga Kryepiskopi Anastas dhe të gjithë anëtarët e Sinodit të Shenjtë, ndërsa fronëzimi i tij u krye në Gjirokastër, më 26 nëntor, në kishën e Kryeengjëjve.
    Më 19 nëntor dhe 21 nëntor në kishën “Ungjillëzimi i Hyjlindëses”, në Tiranë, u krye dorëzimi në gradën episkopale i Episkopit të Apolonisë z. Nikolla dhe i Episkopit të Krujës z. Andon, nga Kryepiskopi Anastas dhe të gjithë anëtarët e Sinodit të Shenjtë.

•    Pas propozimit të Këshillit Kleriko-Laik, siç e përcakton Statuti i ri i Kishës sonë, të enjten, më 19 janar 2012, në mbledhjen e tij, Sinodi i Shenjtë i Kishës Orthodhokse Autoqefale të Shqipërisë, zgjodhi dy episkopë të rinj titullarë. Në bazë të Statutit të Ri të Kishës Orthodhokse Autoqefale të Shqipërisë (nenet 17, 18), Sinodi i Shenjtë vendosi me vota unanime si Episkop i Amantias, arkimandritin Nathanail Lavrioti dhe si Episkop i Bylisit, arkimandritin Asti Bakallbashi. Edhe këta episkopë ndihmës të Kryepiskopit dhe janë anëtarë titullarë me të drejta të plota në Sinodin e Shenjtë.
    Dorëzimet në gradën episkopale të Episkopit të Amantias z. Nathanail dhe Episkopit të Bylisit z. Asti u kryen nga Kryepiskopi Anastas, me pjesëmarrjen e gjithë Sinodit të Shenjtë, në kishën “Ungjillëzimi i Hyjlindëses”, në Tiranë të shtunën dt. 21 janar dhe të dielën 22 janar. Edhe këta episkopë mbulojnë sektorë të caktuar të jetës kishtare, Hirësi Nathanaili “Mbikqyrjen e pasurisë së Manastireve” dhe Hirësi Asti “Dhiakoninë Apostolike” (Shërbimin Apostullor).
    Me këto dy dorëzime Sinodi i Shenjtë i Kishës Orthodhokse Autoqefale të Shqipërisë përbëhet për herë të parë në historinë tij nga 8 hierarkë: nga Kryepiskopi Anastas, kryetar; Mitropoliti i Beratit z. Ignati, Mitropoliti i Korçës z. Joani, Mitropoliti i Gjirokastrës z. Dhimitri, Episkopi i Apolonisë z. Nikolla, Episkopi i Krujës z. Andoni, Episkopi i Amantias z. Nathanaili, Episkopi i Bylisit z. Asti, Kryesekretar i Përgjithshëm, Protopresviter z. Jani Trebicka.

Janar 2013